基于R语言的shiny网页工具开发基础系列-07

生信技能树

发布于 2021-02-03 16:04:14

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发布于 2021-02-03 16:04:14

文章被收录于专栏：生信技能树生信技能树

后起之秀奔涌而至，欢迎大家在《生信技能树》的舞台分享自己的心得体会！

上面是shiny团队的稿件

L7-如何分享你的app

分享你的app

你现在能构建一个实用的shiny app，但是如何分享给别人呢？此篇将展示几个分享app的方法

当说到分享app，应有两个基本选项

将app作为R脚本分享。这是最简单的分享方法，但这种方法只有用户自己电脑上有R并且会用时才行
作为网页分享。这绝对是最用户友好的方式。用户用网页浏览器就能体验你的app。

作为R脚本分享

任何使用R的人都可运行你的shiny app，他们需要你的app.R的一个副本，还有其他支持材料（比如www文件夹或者帮助脚本）

发送你的文件到另一个用户，email或者github等

用户将你的文件放入工作目录下的文件夹，就像之前我们做的一样

# install.packages("shiny")
library(shiny)
runApp("census-app")

shiny内建了三个命令使得使用在线托管的文件非常容易

分别是runUrl, runGitHub, runGist

runUrl

runUrl 会直接从网页连接下载和启动一个shiny app

使用方法

直接保存shiny app 的目录为一个zip文件
托管这个zip文件到网页连接，任何获取这个连接的人都可以从R中启动这app

library(shiny)
runUrl( "<the weblink>")

runGitHub

如果没有自己的网站，免费的代码托管网站github是个好地方http://www.github.com/

GitHub是R开发人员最受欢迎的项目托管站点，因为它不仅可以托管文件。GitHub提供了许多支持协作的功能，例如问题跟踪器，Wiki，以及与git版本控制系统的紧密集成。要使用GitHub，您需要注册（免费）并选择一个用户名。

要通过GitHub共享应用，请在GitHub上创建项目存储库。然后将您的app.R文件以及该应用程序使用的所有补充文件存储在存储库中。

您的用户可以通过运行以下命令来启动您的应用：

runGitHub( "<your repository name>", "<your user name>")

runGist

如果您想要匿名方式在线发布文件，则GitHub在gist.github.com上提供了一个粘贴板服务，用于共享文件。您无需注册GitHub帐户即可使用此服务。即使您拥有GitHub帐户，gist也是共享Shiny项目的一种简单快捷的方法。

操作方法：

将您的app.R文件复制并粘贴到gist网页。
请注意GitHub给出gist的URL

形成gist后，您的用户可以使用runGist("<gist number>")启动应用程序，其中“”是显示在Gist网址末尾的数字。

比如：

runGist("eb3470beb1c0252bd0289cbc89bcf36f")

作为网页分享

以上所有方法都有相同的限制。他们要求您的用户在计算机上安装R和Shiny。

但是，Shiny创造了绝佳的机会，可以与没有R（也无意安装它）的人们共享输出。您的Shiny应用恰好是世界上使用最广泛的通信工具之一：网页。如果您使用自己的URL托管应用程序，则用户可以访问该应用程序（而不必担心生成该应用程序的代码）。

如果您熟悉网络托管或有权访问IT部门，则可以自己托管Shiny应用程序。

如果您希望获得更轻松的体验或需要支持，RStudio提供了三种将Web应用程序托管为网页的方式：

shinyapps.io
Shiny Server
RStudio Connect

Shinyapps.io

将Shiny应用程序转换为网页的最简单方法是使用Shinyapps.io，RStudio的Shiny应用程序托管服务。

shinyapps.io使您可以直接从R会话将应用程序上载到RStudio托管的服务器。您可以完全控制您的应用程序，包括服务器管理工具。您可以通过访问shinyapps.io了解有关shinyapps.io的更多信息。

Shiny Server

Shiny Server是Shiny的配套程序，可构建旨在托管Shiny应用程序的Web服务器。它是免费的开放源代码，可从GitHub获得。

Shiny Server是一个服务器程序，Linux服务器可以运行该服务器程序以将Shiny应用程序托管为网页。要使用Shiny Server，您需要一台Ubuntu 12.04或更高版本（64位）和CentOS / RHEL 5（64位）有明确支持的Linux服务器。如果未使用支持的发行版，则仍可以通过从源代码构建它来使用Shiny Server。

您可以使用同一台Shiny Server在多个网页上托管多个Shiny应用程序，并且可以从防火墙后面部署这些应用程序。

要查看有关安装和配置Shiny Server的详细说明，请访问Shiny Server指南。

RStudio Connect

如果您在营利性环境中使用Shiny，则可能需要为自己提供大多数付费服务器程序随附的服务器工具，例如

密码认证
SSL支持
管理员工具
优先支持

如果是这样，请查看RStudio Connect，这是您的团队在R中创建的工作的发布平台。在一个方便的位置共享Shiny应用程序，R Markdown报告，仪表板，绘图，Jupyter Notebook等。使用RStudio Connect，您可以通过按一下按钮从RStudio IDE中进行发布，并计划执行报告和灵活的安全策略。

如果您想了解有关RStudio Connect及其提供的功能的更多信息，请参见此处。