Github:
https://github.com/avirshup/py3dmol.git
API:
http://3dmol.csb.pitt.edu/doc/$3Dmol.GLViewer.html
简单介绍:
Py3DMol is a python package for dependency-free molecular visualization in iPython notebooks. Objects from MDAnalysis, MDTraj, OpenBabel, and CClib can be visualized and manipulated directly in a notebook notebook. The backend visualization library, 3DMol.js, is included, so no additional libraries are necessary - visualizations will function in any modern browser using javascript and WebGL.
谷歌翻译:
Py3DMol是用于iPython笔记本中无依赖分子可视化的python软件包。 MDAnalysis,MDTraj,OpenBabel和CClib中的对象可以在笔记本中直接可视化和操作。包含了后端可视化库3DMol.js,因此不需要其他库-可视化将在使用javascript和WebGL的任何现代浏览器中运行。
假装读懂了
实际操作:
1:安装
2:简单测试
第一个小兴奋,显示蛋白结构,鼠标可以直接在里面进行旋转,放大等一系列操作
3:help下查看指令:
4:help中有个网站http://3dmol.csb.pitt.edu/doc/$3Dmol.GLViewer.html
进入查看
额,实际上没什么用处
5:简单看看脚本命令,首先创建view对象,用py3dmol,这个很重要,查看帮助文档
6:文档参数就这几个,比较重要的是query,还有png
7:query可以是pdb,cid以及url,有点淡这个颜色
8:导入分子
11:还可以分屏,虽然pymol也可以做到,但是他方便一些快一点,从命令行这边讲
12:做图也很简单了
13:相关的文件在百度云盘上
链接:https://pan.baidu.com/s/1ULjdMHGYokcKnzAsT8vJ9Q 密码:uqn4