Py3DMol--a little more

Github:

https://github.com/avirshup/py3dmol.git

API:

http://3dmol.csb.pitt.edu/doc/$3Dmol.GLViewer.html

简单介绍：

Py3DMol is a python package for dependency-free molecular visualization in iPython notebooks. Objects from MDAnalysis, MDTraj, OpenBabel, and CClib can be visualized and manipulated directly in a notebook notebook. The backend visualization library, 3DMol.js, is included, so no additional libraries are necessary - visualizations will function in any modern browser using javascript and WebGL.

谷歌翻译：

Py3DMol是用于iPython笔记本中无依赖分子可视化的python软件包。 MDAnalysis，MDTraj，OpenBabel和CClib中的对象可以在笔记本中直接可视化和操作。包含了后端可视化库3DMol.js，因此不需要其他库-可视化将在使用javascript和WebGL的任何现代浏览器中运行。

假装读懂了

实际操作：

1:安装

2：简单测试

第一个小兴奋，显示蛋白结构，鼠标可以直接在里面进行旋转，放大等一系列操作

3:help下查看指令：

4：help中有个网站http://3dmol.csb.pitt.edu/doc/$3Dmol.GLViewer.html

进入查看

额，实际上没什么用处

5：简单看看脚本命令，首先创建view对象，用py3dmol，这个很重要，查看帮助文档

6：文档参数就这几个，比较重要的是query，还有png

7:query可以是pdb，cid以及url,有点淡这个颜色

8:导入分子

11：还可以分屏，虽然pymol也可以做到，但是他方便一些快一点，从命令行这边讲

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12：做图也很简单了

13：相关的文件在百度云盘上

链接:https://pan.baidu.com/s/1ULjdMHGYokcKnzAsT8vJ9Q 密码:uqn4