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社区首页 >专栏 >小分子能量最小化

小分子能量最小化

作者头像
DrugScience
发布2021-02-04 15:04:26
1.8K0
发布2021-02-04 15:04:26
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文章被收录于专栏:DrugScience

系列:

处理小分子

目的:

小分子能量最小化

原理:

Pymol创建小分子+Openbabel进行最小化

步骤:

(1)PyMol创建小分子,然后保存为mol2格式

(2)运行openbabel进行能量最小化处理

代码语言:javascript
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指令:obminimize test.mol2
输入参数:
-n steps
    Specify the maximum number of steps (default=2500)
-cg
    Use conjugate gradients algorithm (default)
-sd
    Use steepest descent algorithm
-c criteria
    Set convergence criteria (default=1e-6)
-ff forcefield
    Select the forcefield
    

(3)最终输出结果需要手动保存为pdb格式

代码语言:javascript
复制
COMPND    obj06
AUTHOR    GENERATED BY OPEN BABEL 2.4.1
ATOM      1  C01 UNK A   1      -1.328   0.979  -0.999  1.00  0.00           C
ATOM      2  C07 UNK A   1      -3.145  -0.704  -1.089  1.00  0.00           C
ATOM      3  C09 UNK A   1      -5.040  -2.344  -1.150  1.00  0.00           C
ATOM      4  C11 UNK A   1      -7.274  -3.408  -1.751  1.00  0.00           C
ATOM      5  C13 UNK A   1      -3.816  -4.091   0.196  1.00  0.00           C
ATOM      6  C15 UNK A   1      -2.840  -5.211   0.139  1.00  0.00           C
ATOM      7  C21 UNK A   1      -4.413  -3.623   1.469  1.00  0.00           C
ATOM      8  C27 UNK A   1       3.812   1.596  -0.512  1.00  0.00           C
ATOM      9  C29 UNK A   1      -9.369  -3.106  -0.413  1.00  0.00           C
ATOM     10  C31 UNK A   1      -7.134  -5.548  -2.998  1.00  0.00           C
ATOM     11  C02 UNK A   1      -0.427   0.342  -0.138  1.00  0.00           C
ATOM     12  C08 UNK A   1      -2.738   0.575  -1.092  1.00  0.00           C
ATOM     13  C10 UNK A   1      -4.544  -1.084  -1.165  1.00  0.00           C
ATOM     14  C12 UNK A   1      -6.503  -2.485  -1.127  1.00  0.00           C
ATOM     15  C14 UNK A   1      -4.142  -3.487  -0.970  1.00  0.00           C
ATOM     16  C16 UNK A   1      -1.589  -5.057  -0.478  1.00  0.00           C
ATOM     17  C22 UNK A   1      -5.703  -4.020   1.847  1.00  0.00           C
ATOM     18  C28 UNK A   1       2.732   2.357  -0.731  1.00  0.00           C
ATOM     19  C30 UNK A   1      -8.730  -3.343  -1.567  1.00  0.00           C
ATOM     20  C32 UNK A   1      -6.693  -4.308  -2.748  1.00  0.00           C
ATOM     21  C03 UNK A   1       0.902   0.774  -0.049  1.00  0.00           C
ATOM     22  C17 UNK A   1      -0.675  -6.112  -0.508  1.00  0.00           C
ATOM     23  C23 UNK A   1      -6.253  -3.575   3.050  1.00  0.00           C
ATOM     24  C04 UNK A   1       1.356   1.851  -0.818  1.00  0.00           C
ATOM     25  C18 UNK A   1      -0.996  -7.330   0.087  1.00  0.00           C
ATOM     26  C24 UNK A   1      -5.517  -2.734   3.884  1.00  0.00           C
ATOM     27  C05 UNK A   1       0.445   2.507  -1.655  1.00  0.00           C
ATOM     28  C19 UNK A   1      -2.230  -7.493   0.714  1.00  0.00           C
ATOM     29  C25 UNK A   1      -4.231  -2.338   3.518  1.00  0.00           C
ATOM     30  C06 UNK A   1      -0.884   2.075  -1.744  1.00  0.00           C
ATOM     31  C20 UNK A   1      -3.145  -6.438   0.743  1.00  0.00           C
ATOM     32  C26 UNK A   1      -3.679  -2.783   2.315  1.00  0.00           C
ATOM     33  H01 UNK A   1      -2.411  -1.503  -1.027  1.00  0.00           H
ATOM     34  H32 UNK A   1       4.800   2.044  -0.470  1.00  0.00           H
ATOM     35  H35 UNK A   1     -10.454  -3.096  -0.379  1.00  0.00           H
ATOM     36  H38 UNK A   1      -6.652  -6.162  -3.752  1.00  0.00           H
ATOM     37  H33 UNK A   1       3.753   0.520  -0.386  1.00  0.00           H
ATOM     38  H36 UNK A   1      -8.840  -2.933   0.518  1.00  0.00           H
ATOM     39  H39 UNK A   1      -7.966  -5.984  -2.454  1.00  0.00           H
ATOM     40  H04 UNK A   1      -3.456   1.387  -1.178  1.00  0.00           H
ATOM     41  H15 UNK A   1      -5.243  -0.251  -1.237  1.00  0.00           H
ATOM     42  H17 UNK A   1      -6.987  -1.749  -0.484  1.00  0.00           H
ATOM     43  H20 UNK A   1      -3.709  -3.842  -1.904  1.00  0.00           H
ATOM     44  H34 UNK A   1       2.860   3.428  -0.878  1.00  0.00           H
ATOM     45  H37 UNK A   1      -9.321  -3.545  -2.459  1.00  0.00           H
ATOM     46  H40 UNK A   1      -5.846  -3.933  -3.319  1.00  0.00           H
ATOM     47  H08 UNK A   1      -0.750  -0.486   0.488  1.00  0.00           H
ATOM     48  H21 UNK A   1      -1.313  -4.109  -0.934  1.00  0.00           H
ATOM     49  H27 UNK A   1      -6.283  -4.673   1.199  1.00  0.00           H
ATOM     50  H09 UNK A   1       1.569   0.267   0.644  1.00  0.00           H
ATOM     51  H22 UNK A   1       0.290  -5.981  -0.991  1.00  0.00           H
ATOM     52  H28 UNK A   1      -7.255  -3.885   3.335  1.00  0.00           H
ATOM     53  H23 UNK A   1      -0.284  -8.151   0.066  1.00  0.00           H
ATOM     54  H29 UNK A   1      -5.946  -2.388   4.821  1.00  0.00           H
ATOM     55  H11 UNK A   1       0.761   3.358  -2.253  1.00  0.00           H
ATOM     56  H24 UNK A   1      -2.481  -8.441   1.183  1.00  0.00           H
ATOM     57  H30 UNK A   1      -3.657  -1.683   4.168  1.00  0.00           H
ATOM     58  H12 UNK A   1      -1.564   2.602  -2.409  1.00  0.00           H
ATOM     59  H25 UNK A   1      -4.102  -6.585   1.238  1.00  0.00           H
ATOM     60  H31 UNK A   1      -2.677  -2.468   2.037  1.00  0.00           H
CONECT    1   11   12   30
CONECT    2   12   13   33
CONECT    3   13   14   15
CONECT    4   14   19   20
CONECT    5    6    7   15
CONECT    6    5   16   31
CONECT    7    5   17   32
CONECT    8   18   34   37
CONECT    9   19   35   38
CONECT   10   20   36   39
CONECT   11    1   21   47
CONECT   12    1    2   40
CONECT   13    2    3   41
CONECT   14    3    4   42
CONECT   15    3    5   43
CONECT   16    6   22   48
CONECT   17    7   23   49
CONECT   18    8   44   24
CONECT   19    4    9   45
CONECT   20    4   10   46
CONECT   21   11   24   50
CONECT   22   16   25   51
CONECT   23   17   26   52
CONECT   24   21   18   27
CONECT   25   22   28   53
CONECT   26   23   29   54
CONECT   27   24   30   55
CONECT   28   25   31   56
CONECT   29   26   32   57
CONECT   30    1   27   58
CONECT   31    6   28   59
CONECT   32    7   29   60
CONECT   33    2
CONECT   34    8
CONECT   35    9
CONECT   36   10
CONECT   37    8
CONECT   38    9
CONECT   39   10
CONECT   40   12
CONECT   41   13
CONECT   42   14
CONECT   43   15
CONECT   44   18
CONECT   45   19
CONECT   46   20
CONECT   47   11
CONECT   48   16
CONECT   49   17
CONECT   50   21
CONECT   51   22
CONECT   52   23
CONECT   53   25
CONECT   54   26
CONECT   55   27
CONECT   56   28
CONECT   57   29
CONECT   58   30
CONECT   59   31
CONECT   60   32
MASTER        0    0    0    0    0    0    0    0   60    0   60    0
END

输出:


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原始发表:2020-07-29,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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