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文章题目:Single-Cell Deconvolution of Fibroblast Heterogeneity in Mouse Pulmonary Fibrosis 期刊:Cell Reports 发表时间:2018年3月 DOI:https://doi.org/10.1016/j.celrep.2018.03.010
人和小鼠肺部fibroblast都存在着异质性,但是具体的亚型、谱系、生物学性质都是未知。本文主要单细胞分析了两组小鼠的肺部细胞:正常、博来霉素(Bleomycin)诱导纤维化的小鼠。
D0:未处理组,6个亚群; D21:Bleomycin处理组,7个亚群,多了个PDGrb
共同的6个亚群,在两组中占得比例也不同。
参考文献,以Acta2, Myh11, Tagln确认为myofibroblast,对myofibroblast进行表征如下图。
将这类细胞再聚类,分成两个群:Col13a1 和 Col14a1 matrix fibroblasts,对两组进行表征
Col14a1 matrix fibroblast 表达 Pi16 , Mmp3 , Cygb, and Rtp4,和另一个细胞群能区分开
使用基于SCRAT的SOMs分析方法看不同细胞群之间的分化可能(Camp et al., 2017) 。如下图,不同细胞群在正常、纤维化条件下的signature表达不一样。
结果发现在正常肺中,间充质祖细胞分为脂肪成纤维细胞和Col14a1基质成纤维细胞,而Col14a1基质成纤维细胞分化为肌成纤维细胞和Col13a1基质成纤维细胞。在纤维化肺中,间充质祖细胞分支成脂纤维母细胞,然后沿谱系分化为Pdgfrb hi亚型,肌成纤维细胞,Col14a1基质成纤维细胞和Col13a1基质成纤维细胞。
本文将数据与已报道数据比对,分析,解释。
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