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分子对接教程 | (1) 软件安装准备

本人自己的一个小课题需要分子对接,这里在做的时候顺便写一下教程。

AutoDock 网站下载地址:http://autodock.scripps.edu/

进入网站首页点击downloads,进入下载页面,需要从这里下载2个软件,AutoDock 4.2mgltools。

AutoDock 4.2的下载:右键proceed to download page,在新窗口中打开。在打开页面底部有下载地址,根据自己的系统选择下载,这里是Windows。懒人链接:

http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-registration/autodock-4-2-download-page/

mgltools的下载:下载页面底部有个ADT,新页面点击AutoDockTools,然后选择适合自己的系统版本,懒人链接:http://mgltools.scripps.edu/downloads

其他分子对接辅助软件,比如:OpenBabel,PyMOL,Python等软件自己Google下载,Python需要安装2.0序列的,这个必须安装,安装完成后需要配置环境变量,不知道怎么配置环境变量,Google或者百度一下,很简单,我记得在我TCGA差异分析的视频教程文章中【一文就会TCGA数据库基因表达差异分析】介绍TCGA官方工具下载数据的时候有介绍,如果不是这研究方向的,没必要去看这个视频,百度来的快些。当然,这些安装包我上传到了云盘。

链接:https://pan.baidu.com/s/1oLKITNG-mRWBVOSXepbJrg ,提取码:mx5u

安装好这些软件后,我们需要设置一个工作环境。安装好AutoDock 4.2和mgltools后,你可以选择一个盘创建一个工作环境的文件夹,以后你就在该文件夹下完成分子对接,我这里是在F:\Autodock\文件夹。如果你没有更改安装路径,那么你会在C:\Program Files (x86)\The Scripps Research Institute\Autodock\4.2.6文件夹下看见这2个文件。将这2个文件复制到F:\Autodock中。

同样的,安装mgltools软件的安装目录下有个adt.bat,我这里的安装路径是:C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6,将adt.bat这个文件复制到F:\Autodock\文件中。

这里在F:\Autodock\文件夹下就有了3个文件。

然后我们打开Autodock软件。点击File,选择Preferences,再选择Set。

在Startup Directory中粘贴你的工作路径,我上面是F:\Autodock\,这里就输入F:\Autodock,然后点击Make Default。就设置好默认的工作路径了,后面我们需要对接的配体分子和蛋白分子都放在该目录下。

本文分享自微信公众号 - MedBioInfoCloud(MedBioInfoCloud),作者:DoubleHelix

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2021-01-28

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