专栏首页生物信息云分子对接教程 | (7) AutoDock对接中易错问题

分子对接教程 | (7) AutoDock对接中易错问题

有些同学可能第一次做对接,由于蛋白或者的受体不同,中途可能会产生一些错误,导致后面无法进行,一直停留在原地,这里,我简单介绍一下,可能的出现的错误,但不一定覆盖到你所遇到的问题。

首先就是准备受体的时候,加氢的问题,其实在前文已经有过介绍,在选择一个分子作为配体或受体之前,必须把所有的氢都加到这个分子上,而且是全氢。如果你操作是用我选择的蛋白或者受体,前面可能你没有发现一个问题,那就小分子配体,我们下载的sdf文件和mol2文件,其中的sdf文件在PubChem数据库下载的,在3D Conformer处左侧有一些选项勾选,比如是否显示氢键,我当时是勾选的。

如果我们的小分子已经带氢,再加氢是没有什么变化的。

当然,这一步没有什么影响。

还有就是我们是否计算Gasteiger电荷,这在前面也有所提到,对于小分子配体,我们是不自己去计算的,除非出错,这在前面有解释,但对于蛋白配体呢??是否也需要计算Gasteiger电荷??这里是不需要的,我们在去水加氢后选为受体,软件是自动添加,所以,对于蛋白质来说,无论是否报错,均不能计算Gasteiger电荷这一步操作,这会改变真正的对接结果。

但是对于蛋白受体来说,一般不会出错的,要出错的情况最可能的原因就是你蛋白受体含有特殊原子,而这些离子在AutoDockTools的离子参数配置文件中没有,所以会报错,这种怎么解决??

我们首先先看一下原子参数的配置文件,如果你安装软件的时候没有改变安装路径的话,应该在C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\MGLToolsPckgs\AutoDockTools 这个路径下。

AD4_parameters.dat这个文件就是原子参数配置文件,不懂的话先不要更改它,你复制一份出来,用文本软件打开,你会找到如下的内容。这些就是已有的离子参数,你看一下里面有没有你的金属离子,没有的话报错的原因就是这个。

如 3PAU这个蛋白,含有铜离子,而铜离子在我们默认的参数里面是没有的。

我们下载这个蛋白用ADT打开。去水加氢。

我们接着讲蛋白设置为受体,准备输出为pdbqt文件时,认真的会发现,和前面有所不同,会提示一些原子有0个电荷,这种提示在前面是没有出现的。

我们按照前面的操作流程,导入受体分子pdbqt文件时,还是会有类似的提示。

我们继续用前面的配体往下对接。再输出gpf文件的时候,然后运行Auto Grid后,没有产生相应的map文件,而且会运行不会结束,反正我等了好久,就是不会结束。那么我们这么解决呢?

首先,我们可以查看官方文档

http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/how-do-i-add-new-atom-types-to-autodock-4

还有就是Google,你可以在https://www.researchgate.net/搜索你可能遇到的问题。类似的问题有很多人会遇到的。下面就有一些类似的问题。

https://www.researchgate.net/post/How-to-add-Cobalt-atomic-parameter-in-autodock-42

在上面的这个问题中,有一个回答,

将需要的参数复制到AD4_parameter.dat文件中。(将值对齐到正确的行)

然后你需要把修改过的bat文件放到autodock和autogrid exe文件所在的文件夹中。

然后我们再通过修改.gpf和.dpf文件。再运行。

具体怎么操作,首先,复制AD4_parameter.dat这个文件到工作目录(F:\AutoDock),最好不要在原来的文件下面更改。

atom_par C 4.00 0.150 33.5103 -0.00143 0.0 0.0 0 -1 -1 0 # Non H-bonding
atom_par A 4.00 0.150 33.5103 -0.00052 0.0 0.0 0 -1 -1 0 # Non H-bonding
atom_par N 3.50 0.160 22.4493 -0.00162 0.0 0.0 0 -1 -1 1 # Non H-bonding
atom_par NA 3.50 0.160 22.4493 -0.00162 1.9 5.0 4 -1 -1 1 # Acceptor 1 H-bond
atom_par NS 3.50 0.160 22.4493 -0.00162 1.9 5.0 3 -1 -1 1 # Acceptor S Spherical
atom_par OA 3.20 0.200 17.1573 -0.00251 1.9 5.0 3 -1 -1 2 # Acceptor 2 H-bonds
atom_par OS 3.20 0.200 17.1573 -0.00251 1.9 5.0 3 -1 -1 2 # Acceptor S Spherical
atom_par SA 4.00 0.200 33.5103 -0.00214 2.5 1.0 5 -1 -1 6 # Acceptor 2 H-bonds
atom_par S 4.00 0.200 33.5103 -0.00214 0.0 0.0 0 -1 -1 6 # Non H-bonding
atom_par H 2.00 0.020 0.0000 0.00051 0.0 0.0 0 -1 -1 3 # Non H-bonding
atom_par HD 2.00 0.020 0.0000 0.00051 0.0 0.0 2 -1 -1 3 # Donor 1 H-bond
atom_par HS 2.00 0.020 0.0000 0.00051 0.0 0.0 1 -1 -1 3 # Donor S Spherical
atom_par P 4.20 0.200 38.7924 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 5 # Non H-bonding
atom_par Br 4.33 0.389 42.5661 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par BR 4.33 0.389 42.5661 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Ca 1.98 0.550 2.7700 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par CA 1.98 0.550 2.7700 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Cl 4.09 0.276 35.8235 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-binding
atom_par CL 4.09 0.276 35.8235 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-binding
atom_par F 3.09 0.080 15.4480 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-binding
atom_par Fe 1.30 0.010 1.8400 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par FE 1.30 0.010 1.8400 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par I 4.72 0.550 55.0585 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-binding
atom_par Mg 1.30 0.875 1.5600 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par MG 1.30 0.875 1.5600 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Mn 1.30 0.875 2.1400 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par MN 1.30 0.875 2.1400 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Zn 1.48 0.550 1.7000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par ZN 1.48 0.550 1.7000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par He 2.36 0.056 15.240 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Li 2.45 0.025 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Be 2.76 0.085 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par B 4.08 0.180 12.052 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Ne 3.24 0.042 15.440 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Na 3.98 0.030 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Al 4.49 0.505 11.278 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Si 4.30 0.402 12.175 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par K 3.81 0.035 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Sc 3.30 0.019 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Ti 3.18 0.017 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par V 3.14 0.016 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 1 # Non H-bonding
atom_par Co 2.87 0.014 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Ni 2.83 0.015 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Cu 3.50 0.005 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Ga 4.38 0.415 11.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Ge 4.28 0.379 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par As 4.23 0.309 13.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Se 4.21 0.291 14.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Kr 4.14 0.220 16.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Rb 4.11 0.040 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Sr 3.64 0.235 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Y 3.35 0.072 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Zr 3.12 0.069 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Nb 3.17 0.059 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Mo 3.05 0.056 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Tc 3.00 0.048 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Ru 2.96 0.056 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Rh 2.93 0.053 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Pd 1.34 0.048 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Ag 3.15 0.036 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Cd 2.85 0.228 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par In 4.46 0.599 11.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Sn 4.39 0.567 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Sb 4.42 0.449 13.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Te 4.47 0.398 14.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Xe 4.40 0.332 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Cs 4.52 0.045 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Ba 3.70 0.364 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par La 3.52 0.017 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Ce 3.56 0.013 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Pr 3.61 0.010 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Nd 3.58 0.010 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Pm 3.55 0.009 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Sm 3.52 0.008 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Eu 3.49 0.008 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Gd 3.37 0.009 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Tb 3.45 0.007 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Dy 3.43 0.007 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Ho 3.41 0.007 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Er 3.39 0.007 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Tm 3.37 0.006 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Yb 3.36 0.228 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 1 4 # Non H-bonding
atom_par Lu 3.64 0.041 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Hf 3.41 0.072 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Ta 3.71 0.081 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par W 3.07 0.067 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Re 2.95 0.066 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Os 3.12 0.120 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Ir 2.84 0.073 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Pt 2.75 0.080 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Au 3.29 0.039 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Hg 2.71 0.385 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Tl 4.35 0.680 11.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Pb 4.30 0.663 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Bi 4.37 0.518 13.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Po 4.71 0.325 14.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par At 4.75 0.284 15.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Rn 4.77 0.248 16.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Fr 4.90 0.050 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Ra 3.68 0.404 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Ac 3.48 0.033 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Th 3.40 0.026 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Pa 3.42 0.022 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par U 3.40 0.022 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Np 3.42 0.019 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Pu 3.42 0.016 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Am 3.38 0.014 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Cm 3.33 0.014 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Bk 3.34 0.013 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Cf 3.31 0.013 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par E 3.30 0.012 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
atom_par Fm 3.29 0.012 12.000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4 # Non H-bonding
将上面的原子参数复制到AD4_parameter.dat文件中相应的位置。就是下图中红框的区域。然后保存。

我们再生产gpf文件后,先不要往下运行,我们用文本软件打开gpf文件。

我们在第一行回车后添加一行:parameter_file AD4_parameters.dat。其实就是指定参数文件

然后我们在运行Auto Grid,接着一直往下,生成dpf文件后,同样用文本软件打开dpf文件,在首行同样添加parameter_file AD4_parameters.dat,保存后再往下运行AutoDock。

这样就不会出错了。当然,实在不想修改文件,麻烦,你可以选择把修改后的文件替换换来的文件,就不需要每次都修改这些文件信息啦。

上面这种处理方式,适合你能找到原子参数的情况下,假设你找不到你要的原子参数,上面这种方法就不可行。但这些原子几乎都够你用啦,放心吧。

还有一种方法是给金属离子添加形式电荷,我个人觉得有上面方法,就不需要这种,感觉人为添加,加几个?感觉不靠谱,但做法就是打开一开始准备的pdbqt文件。找你离子,你会发现电荷是0,这也是为什么一开始处理会提示电荷为0的原因,这里你可以更改,就是人为的改变。后面就不会出错啦。

好了,关于一下常见问题就介绍到这里,如果你还有错误,那么官方文档是最好的解决办法。

http://autodock.scripps.edu/faqs-help

这里会有各种问题的解决方法。如果对接是你科研的主要内容,那么你需要掌握的不止这些

参考:

https://www.researchgate.net/post/How-to-add-Cobalt-atomic-parameter-in-autodock-42

本文分享自微信公众号 - MedBioInfoCloud(MedBioInfoCloud),作者:DoubleHelix

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2021-02-03

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

  • R语言数据分析与挖掘(第一章):数据预处理(1)——缺失值处理

    今天开始新的R教程:R语言数据分析与挖掘,本教程是在掌握R基础语法和基本绘图的情况下学习,没有R基础的可先在网上找相关教程进行学习。当然,本公众号(bioinf...

    DoubleHelix
  • TCGA数据库:SNP数据的下载整理及其可视化

    单核苷酸多态性主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种,占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基...

    DoubleHelix
  • R语言数据分析与挖掘(第四章):回归分析(1)——一元回归分析

    回归分析只涉及到两个变量的,称一元回归分析。一元回归的主要任务是从两个相关变量中的一个变量去估计另一个变量,被估计的变量,称因变量,可设为Y;估计出的变量,称自...

    DoubleHelix
  • 给WordPress大前端DUX主题文章标题右上角加标签

    今天全百科网给大家分享最新研究小成果如何给WordPress 大前端DUX主题文章标题右上角加自定义标签。效果可以查看本篇文章标题右上角哈。

    于飞云计算
  • 让web开发部署提速 8 倍的一款 IDEA 插件,我参与贡献了

    作为一个 Java 程序员,我们大多数会在 Intellij IDEA 中基于 SpringBoot 来开发 WEB 应用,所以本文中的测评将会基于以下几个架构...

    良月柒
  • 三款恶意软件同时目标锁定路由器

    近期发现了3款恶意软件变种——Neko,Mirai和Bashlite。在2019年7月22日,我们发现了Neko僵尸网络的恶意软件样本,并马上开始对其进行分析,...

    FB客服
  • Linux Regulator Framework(2)_regulator driver

    转自蜗窝科技:http://www.wowotech.net/pm_subsystem/regulator_driver.html 说实话,这篇好难懂啊。。。 ...

    233333
  • 让web开发部署提速 8 倍的一款IDEA插件

    在接触 Cloud Toolkit 之前,用什么方法来部署一个 SpringBoot 应用呢?作为一个偏正经的测评人员,我不会为了凸显出 Cloud Toolk...

    lyb-geek
  • SDN集成开发环境——NetIDE

    一、NetIDE综述 这部分内容方便大家对于这款NetIDE工具有一个直观的印象。 NetIDE是一款面向SDN网络应用程序开发的集成环境。它的基本框架是基于e...

    SDNLAB
  • 如何成为一个有逼格的Java架构师

    这两天和朋友谈到Java开发的发展,其实Java开发已经在不知不觉中发生了非常大的改变,前几年的开发行业还是一个风口,随着不断地转行人员以及毕业的大学生疯狂地涌...

    本人秃顶程序员

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券

,,