QIIME 2 2021.2 版本发布啦

QIIME 2 2021.2 版本现已推出！感谢所有参与者的辛勤工作！

提醒一下，我们下一个计划发布的QIIME 2计划于2021年4月发布（QIIME 2 2021.4），但请继续关注更新。

查看QIIME 2 2021.2 文档 有关安装最新QIIME 2版本以及教程和其他资源的详细信息。如果您遇到任何问题，可以联系QIIME 2论坛！

虚拟机将在下周的某个时候提供！

突破变化

• q2-feature-classifier
  • classify-sklearn：参数的默认值已更改为不允许。如果您将参数明确指定，则需要将其更改。如果你没有明确设置这个参数，那么你没有什么可担心的！reads_per_batch0"auto"0reads_per_batch0"auto"0

请根据需要更新脚本、工作流程等。卡住了？在论坛上寻求帮助。

以下是发布的亮点：

• QIIME 2 框架 做了一些与API相关的更改，这仍然是一个正在进行的工作，关于这很快有更多！
  • 重新构想驱动程序采取更惯用的方法-DiagnosticUsage
  • 向基本驱动程序添加了缺少的API方法
  • 将动作助手注入基础驱动程序
• 文档
  • 在帕金森鼠教程中修复了一两个拼写错误
  • 更新我们的文档repo，以适应Sphinx更新引入的新要求。
• q2cli
  • 重构此界面的使用 API 驱动程序，以采取更惯用的方法 - API 仍然是一个正在进行的工作，更多关于这很快！
• q2-types
  • 重新构件成一个更一般的，应该简化新的序列格式（如RNA）的添加，并派生他们的版本DNAFASTAFormatFASTAFormatAligned
  • 添加了一个新的和相应的类型，用于蛋白质分析-第一个插件（s）这些都在进行中ProteinFASTAFormatProteinSequence
• q2-feature-table
  • 如果是过滤后反向坐标轴上零频率的假特征/样本，则不会删除。filter-opposite-axisfilter-samplesfilter-featuresfilter-opposite-axis
  • 添加了并启用了处理s.averageoverlap_methodmergemergeRelativeFrequencyFeatureTable
• q2-quality-control
  • 更新转换器，使用视图api转换为FeatureData[Sequence]pandas.Series
• q2-gneiss
  • 添加，使使用ILR变换对进化树进行无监督的分析ilr_phylogenetic_ordination
  • 添加到差异丰度工具，如Songbird和Aldex2，通过ILR转换转换为进化坐标。ilr_phylogenetic_differentialDifferentials
  • 有关如何使用这些命令的附加教程可以在 empress github repo 找到
• busywork
  • 在我们的各种https://github.com/qiime2存储库中自动增加版权年数。
  • 从TravisCI 迁移github.com/qiime2存储库并迁移到 Github
• workshops
  • 修复了一个错误，阻止我们在网站上创建新的workshops条目。
  • 更改了主页上的排序逻辑，允许将长期运行的研讨会列为即将举办的研讨会，而不是"过去"
• q2-feature-classifier
  • * 有关详细信息，请参阅中断更改部分。
  • 对操作进行了改进，以便在使用时更加清楚。classify-sklearn"auto"reads_per_batch
• q2-diversity
  • 提供了一个很好的元数据验证增强功能，以便当元数据中存在 NaN 时，会出现用户友好型错误。

快乐Qiiming吧！