R语言提取KEGG数据

一粒沙

发布于 2021-03-11 07:09:36

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我们直奔主题，今天给大家介绍下利用R语言去下载KEGG数据库的所有数据。这里需要用到的包是KEGGREST。首先看下包的安装以及所需要的相关包：

BiocManager::install("KEGGREST")
BiocManager::install("fmcsR")
devtools::install_git("https://github.com/cran/RbioRXN.git")

接下来我们直接通过实例来看下如何获取所有的数据：

##包加载
library(KEGGREST)
library(RbioRXN)

##查看KEGG数据库包含的数据
listDatabases()

##获取单个数据集中的数据,
pathway<- keggList("pathway")

##对单个数据库进行组织的选择
org <-keggList("pathway","hsa")

从上面可以看出keggList不仅可以提取单个数据集还可以获取对应物种的信息。在这里我们发现同样的通路编码ID却不一样，map+num泛指KEGG中的所有通路；has+num指的是人类物种的通路信息。

##获取所有的代谢反应和化合物数据
keggAll = get.kegg.all()
save(keggAll,file="C:/data/metabolism/database/KEGG/keggAll.Rdata")
 
###提取数据
reaction=keggAll$reaction
write.csv(reaction," reaction.csv")
 
compound=keggAll$compound
write.csv(compound," compound.csv")