https://github.com/tseemann/snippy
我是在简书看到有人分享,简书介绍的链接是 https://www.jianshu.com/p/268689bf3373
在github主页没有看到软件对应的论文。
image.png
通常利用二代测序数据检测单核苷酸多态性(SNP)和插入缺失(InDels)变异的基本流程是
snippy这个软件好像是把上述过程全都整合到了一起,你只需要输入fastq格式的测序数据和参考基因组,就能够拿到所有的结果,这样就方便了很多
软件主页写了变异检测是有freebayes完成,比对用到的是bwa这个软件,注释用到的是 snpeff这个软件,这点是比较方便的,省去了我们自己操作snpeff软件的过程,这个软件构建自己物种的注释文件还稍微有些麻烦呢!
这个软件还有一个用处是:可以计算两条fasta序列之间的snp和indel位点。这一点做叶绿体基因组的研究就非常方便了,比如自己测了一个叶绿体基因组,和一个已经发表的近缘种来比较,直接用这个软件就方便很多。比如我这边试着做了一下,用到的数据是来自于论文
Comparative chloroplast genomics between the invasive weed Mikania micrantha and its indigenous congener Mikania cordata: Structure variation, identification of highly divergent regions, divergence time estimation, and phylogenetic analysis (本地存储文件名是 1-s2.0-S1055790317307212-main)
两条叶绿体基因组序列序列号
直接使用conda来安装,因为依赖软件过多,下载过程时间会很长,如果网路不好可能会安装失败,我自己试了好多次
conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults snippy
使用命令
snippy --outdir mut1 --ref sequence.gb --cts KX980032.fna
输出的结果文件
image.png
这里snps.csv文件里有用信息比较多
image.png
包括变异类型,如果snp在编码区,还会给出基因的名字,位置和对应的氨基酸变化
这里遇到一个问题是:如果有多条序列一起检测变异应该如何做。我试了一下两条序列放到一起,最终的vcf格式文件中也只有一个样本
image.png
软件主页提到了有一个snippy-multi命令,我试了一下一直遇到报错
暂时还不知道是什么原因
这款软件的使用就先介绍到这里了,后面如果还会用到的话再来研究。
关于使用snpeff软件对vcf格式的变异文件进行注释后的结果解读
小明的数据分析笔记本