R语言作图——Dumbbell plot（哑铃图）

一只羊

发布于 2021-03-15 21:24:33

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发布于 2021-03-15 21:24:33

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今天给大家分享的图是哑铃图(Dumbbell plot)。

Step1. 绘图数据的准备

首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。作图数据格式如下：

Step2. 绘图数据的读取

data <- read.csv(“your file path”, header = T, check.names=F)
#注释：header=T表示数据中的第一行是列名，如果没有列名就用header=F
#注释：R读取数据的时候，默认会把列名里的空格变成 "."，check.names=F就不会变了

Step3. 绘图所需package的安装、调用

library(ggplot2) 
library(reshape2)              
# 注释：package使用之前需要调用

Step4. 绘图

data_melt <- melt(data,id.vars = "Gene")
# 注释：将原始的宽数据变成长数据，方便画图
p <- ggplot(data_melt,aes(x = value, y = Gene)) +  
       geom_line(aes(group = Gene)) +
       geom_point(aes(fill = variable), size = 3)
p

注意改变点颜色的语句fill = variable没有发挥作用，为什么呢？

还是跟geom_point()中的shape有关系，默认是16号实心原点，只有color参数

p <- ggplot(data_melt,aes(x= value, y= Gene)) +  
  geom_line(aes(group = Gene)) +
  geom_point(aes(color = variable), size = 3)
p

改变size的大小

p <- ggplot(data_melt,aes(x= value, y= Gene)) +  
  geom_line(aes(group = Gene)) +
  geom_point(aes(color = variable, size = value))
p

调整顺序

order <- c("Gene1","Gene2","Gene3","Gene4","Gene5","Gene6","Gene7","Gene8","Gene9","Gene10")
p <- ggplot(data_melt,aes(x= value, y= Gene)) +  
  geom_line(aes(group = Gene)) +
  geom_point(aes(fill=variable), shape = 21, size = 3) +
  scale_y_discrete(limits = order)
p

Gene1放在y轴最上面

order <- rev(order)
p <- ggplot(data_melt,aes(x= value, y= Gene)) +  
  geom_line(aes(group = Gene)) +
  geom_point(aes(fill=variable), shape = 21, size = 3) +
  scale_y_discrete(limits = order)
p