PyMol-把它当作一个包来使

来，先看原网攻略：https://pymolwiki.org/index.php/Jupyter

养成好习惯

我们都知道pymol有两种操作方式，一种是鼠标，一种是命令行，当然你如果把我使用sony手柄的那个算第三种的话，我也不反对。

传送门：https://mp.weixin.qq.com/s?_biz=MzIxMzI2OTc2MQ==&mid=2651144233&idx=1&sn=b78161417f999ff9a580c5023e9db5b9&chksm=8c488c47bb3f05517916860cee68d15562b513d0d4278685217c29f23582f5c0932b4a9a5ad6&token=95851457&lang=zhCN#rd

但是，现在的问题是

1.pymol的功能是如此的强大，如何更加有效的使用

2.pymol自带的命令行工具，对于我来说简直是魔鬼，而且，对于一个三维可视化工具，命令行总感觉不如鼠标更有感觉

所以，我目前遇见的一个问题是，怎么去对比两个蛋白

pymol是个包，我用conda安装

所以，我们就可以

In [9]: import pymol2
   ...: p1 = pymol2.PyMOL()
   ...: p1.start()
   ...: p1.cmd.load('1AKE.pdb')
   ...: p1.cmd.load('1EN2.pdb')
   ...: p1.cmd.align('1AKE','1EN2')
Out[9]: (3.6471645832061768, 42, 2, 3.824939250946045, 43, 21.0, 9)

将pymol作为一个包导入，然后使用cmd对其进行调用，这样就舒服一点

至于cmd：https://pymol.org/pymol-command-ref.html