Python每日一谈｜No.15.模块(包)的安装

DrugScience

发布于 2021-03-16 15:10:23

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发布于 2021-03-16 15:10:23

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上一谈中我们使用了Python自带的包进行使用来阐述

这一部分，我们来看看第三方python包，如何安装，如何使用

以BioPython为例，难度低，用途比较广

biopython网站：https://biopython.org/wiki/Documentation

biopython简介

Biopython是Python的最大，最受欢迎的生物信息学软件包。它包含许多用于常规生物信息学任务的不同子模块。它由Chapman和Chang开发，主要使用Python编写。它还包含C代码，以优化软件的复杂计算部分。它可以在Windows，Linux，Mac OS X等操作系统上运行。

安装

1.pip

pip是python的包管理器

 pip install biopython

你可以在这个网站上查询需要安装的python包：https://pypi.org

如果你需要安装特定的biopython版本的话

 pip install biopython==version

2.conda

conda是一个强大的开源的软件包管理系统和环境管理系统

你可以在这个网站上查询需要安装的python包

 conda install biopython

如果需要安装特定的版本

 conda install biopython=version

3.离线安装

以上两种都属于在线安装，也即为有网状态下

下面来看下离线状态下如何安装python的第三方包

首先，我们要找到软件的官网

然后下载其文件：http://biopython.org/DIST/biopython-1.78.zip

下载完成后，解压


 user:biopython-1.78/ $ ls                                         [14:17:30]
Bio                DEPRECATED.rst     NEWS.rst           Tests
BioSQL             Doc                PKG-INFO           biopython.egg-info
CONTRIB.rst        LICENSE.rst        README.rst         setup.cfg
CONTRIBUTING.rst   MANIFEST.in        Scripts            setup.py

然后，我们直接运行

python setup.py install

就可以进行安装

使用

详细使用的话需要查看其原文档以及手册

http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec3

我们这里的使用以3D模块为例：http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec178

我们需要下载这个文件1fat.cif：http://files.rcsb.org/download/1FAT.cif


# 先导入
In [4]: import Bio
  
# 查看版本
In [5]: print(Bio.__version__)
1.78
In [15]: from Bio.PDB.MMCIFParser import MMCIFParser
    ...: parser = MMCIFParser()
In [16]: structure = parser.get_structure("1fat", "1fat.cif")
  
# 我们使用biopython获取了1fat这个蛋白的结构信息
# 然后来进行一个简单的示例
In [18]: for model in structure:
    ...:     for chain in model:
    ...:         for residue in chain:
    ...:             for atom in residue:
    ...:                 print(atom)
 
...
<< span="">Atom O>
<< span="">Atom CB>
<< span="">Atom CG>
<< span="">Atom CD1>
<< span="">Atom CD2>
<< span="">Atom N>
<< span="">Atom CA>
<< span="">Atom C>
<< span="">Atom O>
<< span="">Atom N>
<< span="">Atom CA>
<< span="">Atom C>
<< span="">Atom O>
<< span="">Atom CB>
<< span="">Atom CG>
<< span="">Atom CD1>
...

下面是biopython中对于结构的解析