Python每日一谈｜No.17.文件读写

DrugSci

发布于 2021-03-17 17:19:13

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发布于 2021-03-17 17:19:13

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well，我们很多基本的操作都属于I/O流

假设你只是一个黑盒子用户的话，大概只需要调取参数，获取自己所需的文件然后进行下一步操作即可

我们现在就来看下python的I/O流

1.读取一个文件

我们以1stp.pdb这个蛋白为例

下载地址在这里：http://www.rcsb.org/structure/1STP

# 我们可以直接使用python自带的函数打开In [1]: f = open('1stp.pdb','r')

其基本形式为

   f = open(文件名，打开模式)
   各个参数的细节如下：   - 文件名：文件名是一个字符串值。   - 打开模式：只读（r），写入(w)，追加(w+)等。

这里有一份来源于菜鸟教程的，使用不同模式打开文件的说明

当然，你并不需要全文背诵，只需要知道几个常用值就好：

模式	描述
t	文本模式 (默认)。
x	写模式，新建一个文件，如果该文件已存在则会报错。
b	二进制模式。
+	打开一个文件进行更新(可读可写)。
U	通用换行模式（Python 3 不支持）。
r	以只读方式打开文件。文件的指针将会放在文件的开头。这是默认模式。
rb	以二进制格式打开一个文件用于只读。文件指针将会放在文件的开头。这是默认模式。一般用于非文本文件如图片等。
r+	打开一个文件用于读写。文件指针将会放在文件的开头。
rb+	以二进制格式打开一个文件用于读写。文件指针将会放在文件的开头。一般用于非文本文件如图片等。
w	打开一个文件只用于写入。如果该文件已存在则打开文件，并从开头开始编辑，即原有内容会被删除。如果该文件不存在，创建新文件。
wb	以二进制格式打开一个文件只用于写入。如果该文件已存在则打开文件，并从开头开始编辑，即原有内容会被删除。如果该文件不存在，创建新文件。一般用于非文本文件如图片等。
w+	打开一个文件用于读写。如果该文件已存在则打开文件，并从开头开始编辑，即原有内容会被删除。如果该文件不存在，创建新文件。
wb+	以二进制格式打开一个文件用于读写。如果该文件已存在则打开文件，并从开头开始编辑，即原有内容会被删除。如果该文件不存在，创建新文件。一般用于非文本文件如图片等。
a	打开一个文件用于追加。如果该文件已存在，文件指针将会放在文件的结尾。也就是说，新的内容将会被写入到已有内容之后。如果该文件不存在，创建新文件进行写入。
ab	以二进制格式打开一个文件用于追加。如果该文件已存在，文件指针将会放在文件的结尾。也就是说，新的内容将会被写入到已有内容之后。如果该文件不存在，创建新文件进行写入。
a+	打开一个文件用于读写。如果该文件已存在，文件指针将会放在文件的结尾。文件打开时会是追加模式。如果该文件不存在，创建新文件用于读写。
ab+	以二进制格式打开一个文件用于追加。如果该文件已存在，文件指针将会放在文件的结尾。如果该文件不存在，创建新文件用于读写。

在我们打开文本对象之后，下一步该做的就是提取字符串

In [4]: f_str = f.read()In [5]: f_str[:300]Out[5]: 'HEADER    BIOTIN BINDING PROTEIN                  12-MAR-92   1STP              \nTITLE     STRUCTURAL ORIGINS OF HIGH-AFFINITY BIOTIN BINDING TO STREPTAVIDIN    \nCOMPND    MOL_ID: 1;                                                            \nCOMPND   2 MOLECULE: STREPTAVIDIN COMPLEX WITH BIOTIN;   '

当执行完成操作之后记得要关闭此对象

In [6]: f.close()

此时，你便获取了一部分文字

现在就可以对其进行编辑，增加删除，然后输出

此时，我们需要再次打开一个写入对象

In [6]: f_new = open('out.pdb','w')
In [7]: f_new.write(f_str)Out[7]: 119232  # 关闭对象In [9]: f_new.close()

当然file对象也有很多其余的常用函数

仍然是来源于菜鸟教程

序号	方法及描述
1	file.close()关闭文件。关闭后文件不能再进行读写操作。
2	file.flush()刷新文件内部缓冲，直接把内部缓冲区的数据立刻写入文件, 而不是被动的等待输出缓冲区写入。
3	file.fileno()返回一个整型的文件描述符(file descriptor FD 整型), 可以用在如os模块的read方法等一些底层操作上。
4	file.isatty()如果文件连接到一个终端设备返回 True，否则返回 False。
5	file.next()Python 3 中的 File 对象不支持 next() 方法。返回文件下一行。
6	file.read([size])从文件读取指定的字节数，如果未给定或为负则读取所有。
7	file.readline([size])读取整行，包括 "\n" 字符。
8	file.readlines([sizeint])读取所有行并返回列表，若给定sizeint>0，返回总和大约为sizeint字节的行, 实际读取值可能比 sizeint 较大, 因为需要填充缓冲区。
9	file.seek(offset[, whence])移动文件读取指针到指定位置
10	file.tell()返回文件当前位置。
11	file.truncate([size])从文件的首行首字符开始截断，截断文件为 size 个字符，无 size 表示从当前位置截断；截断之后后面的所有字符被删除，其中 windows 系统下的换行代表2个字符大小。
12	file.write(str)将字符串写入文件，返回的是写入的字符长度。
13	file.writelines(sequence)向文件写入一个序列字符串列表，如果需要换行则要自己加入每行的换行符。