生信分析零背景 变异注释你也行

背景

BACKGROUND

人类基因组测序数据分析得到的变异位点，如SNV、INDEL，需要经过基因信息、人群频率、进化保守性预测、蛋白功能影响预测等分析，才能用于遗传分析和解读。虽然各实验室相继推出了如pubvar、mutlazer之类的查询网站，但由于维护频率不高，后台很多数据库未及时更新，导致注释的结果存在信息不全、版本过低等情况。目前已知的主流变异位点注释软件包括annovar、VEP、 snpeff等，VEP是ensembl出品，质量有保障。VEP发布了在线版和下载版，对于非生物信息背景的各位，可以用在线版实现相关信息的注释。

使用说明

MANUAL

一

、注册账号

百度或谷歌搜索”ensembl vep”,进入vep官网，注册方式如图：

二

、登陆使用

注意事项

VEP默认使用GRCh38版本的参考基因组，请根据需要选择GRCh37(hg19)版本。

三

、部分注释选项说明

1、人群频率注释

1000G所有人种：

1000G不同人种：

GnomAD：

2、参考文献注释：

报道该变异位点的文献PMID号，文献收集自ClinVar数据库2019年12月更新版和HGMD-public数据库2019年第4季度更新版（2020年10月30日测试结果）

3、转录本注释：

标记收录到MANE中的转录本编号：

备注：MANE(Matched Annotation between NCBI and EBI)挑选的Ensembl (ENST开头的转录本号) 和RefSeq (NM开头的转录本号) 序列完全一致的转录本，详见文末网址（1）

标记经典转录本:

4、功能注释(即用来判断ACMG证据PP3,BP4,BP7的信息)

dbNSFP数据库注释：

共采用29种算法对错义突变进行致病性预测，详见文末网址（2）

(默认为Disabled，根据需要选择dbNSFP数据库中需要注释的内容)

剪切位点预测：

四

、结果查看和导出

五

、部分结果解析

01

转录本选择

推荐MANE挑选的转录本，若MANE未收录，则挑选“VEP_canonical”标记为“YES”的转录本

02

剪接预测软件spliceAI输出结果解析

DS_AG, DS_AL, DS_DG, DS_DL分别代表acceptor gain，acceptor loss，donor gain，donor loss的Delta得分，其含义是影响剪接的概率，越接近1则影响剪接的概率越大，阈值设定如下：0.2 (high recall), 0.5 (recommended), and 0.8 (high precision)

03

其它信息

VEP的在线注释对各数据库的说明在输出结果的表头中已有相应介绍，可以将鼠标悬停到在线结果表的表头相应栏位即可显示

以下为文中关联网址：

(1)https://asia.ensembl.org/info/genome/genebuild/mane.html

(2)https://usf.app.box.com/s/cdws8yx5occ603ccbknwyamz5reapdug

END

作者：研发中心生信分析组 侯 敏

编辑：医学市场部 廖小芳