前往小程序,Get更优阅读体验!
立即前往
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
社区首页 >专栏 >BIRCH聚类算法详解

BIRCH聚类算法详解

作者头像
生信修炼手册
发布2021-03-24 21:18:51
1.4K0
发布2021-03-24 21:18:51
举报
文章被收录于专栏:生信修炼手册生信修炼手册

欢迎关注”生信修炼手册”!

BIRCH算法全称如下

Balanced Iterative Reducing and Clustering Using Hierarchies

属于树状结构的层次聚类算法的一种,其树状结构的构建是自上而下的,也就是说我们只需要扫描一遍数据,就可以得到树状结构了,因此该算法的运行速度很快。

要理解该算法的运行过程,需要理解以下两个基本概念

1. Cluster Feature

简称CF, 每个CF本质上是一个3元组,由N, LS, SS共3个元素构成,其中

1. N表示样本数目

2. LS表示样本各特征的和

3. SS表示样本各特征的平方和

具体的求解过程图示如下

LS的计算公式如下

对于图中所示的5个点,LS的求解过程如下

代码语言:javascript
复制
>>> ( 3 + 2 + 4 + 4 + 3, 4 + 6 + 5 + 7 + 8)
(16, 30)

SS的计算公式如下

对于图中所示的5个点,SS的求解过程如下

代码语言:javascript
复制
>>> ( 3 ** 2 + 2 ** 2 + 4 ** 2 + 4 ** 2 + 3 ** 2, 4 ** 2 + 6 ** 2 + 5 ** 2 + 7 ** 2 + 8 ** 2)
(54, 190)

2. Cluster Feature Tree

简称CF tree, 其结构如下

可以分为根节点,内部节点,叶子节点3大类,其中每个节点都是有多个CF构成的。对于一颗CF tree, 有以下3个重要参数

1. 内部节点的最大CF数目,称之为枝平衡因子B

2. 叶子节点的最大CF数目,称之为叶平衡因子L

3. 叶子节点的空间阈值T,计算样本点与CF的空间距离,如果小于阈值,则将样本纳入某个CF

3个参数在CF tree中的作用图示如下

定义好上述3个参数之后,就可以开始扫描数据,构建CFtree, 对于第一个样本,CF为空,首先将其自身归入一个CF

对于第二个样本,判断其与样本A的距离是否大于空间阈值T, 因为小于T, 所以该样本也归入A所属的CF

对于第三个样本,同样计算空间距离,因为大于T, 所以该样本归为一个新的CF, 从而实现了节点的分裂

对于第4个样本,计算空间距离,发现属于B所在的空间,则归为B所在的CF

在构建CF tree的过程中,除了空间距离,还需要考虑平衡因子B和L。比如对于以下LN1节点而言,如果叶平衡因子L的值大于3,则sc8这个CF就可以作为LN1的一个叶子节点

如果小于3,就需要分裂出一个新的分支,分裂时,从LN1下所有的CF中挑选出距离最小和最大的两个CF, 作为新的内部节点,图示如下

枝平衡因子B影响内部节点的结构,如果B的值小于3,则要对内部节点进行拆分,分裂的方法是相同的,就是挑选距离最近和最远的两个CF作为新的分支,分裂后的结果图示如下

对于BIRCH算法而言,主要的步骤就是构建CF tree, 树状结构构建好之后,后续还可以有些可选步骤,常见的可选步骤如下

1. 去除异常的CF点,通常是包含样本较少的CF

2. 利用其它聚类算法,比如K-means 对CF Tree进行聚类, 用于调整样本读入顺序造成的树状结构的不合理

3. 利用CF节点的质心,对样本点进行聚类

在scikit-learn中,使用BIRCH聚类的代码如下

代码语言:javascript
复制
>>> from sklearn.cluster import Birch
>>> X = [[0, 1], [0.3, 1], [-0.3, 1], [0, -1], [0.3, -1], [-0.3, -1]]
>>> brc = Birch(n_clusters=None)
>>> brc.fit(X)
Birch(n_clusters=None)
>>> brc.predict(X)
array([0, 0, 0, 1, 1, 1])

BIRCH算法的优点是节约内存,聚类速度快,可以不用指定聚类的类别数目K, 适合处理类别数目特别多的大样本数据,缺点则是在给定的平衡因子和空间阈值参数值的约束下,聚类的结果可能和真实分布不一样,而且对于维数特别多的数据,聚类效果不太好。

·end·

—如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—

原创不易,欢迎收藏,点赞,转发!生信知识浩瀚如海,在生信学习的道路上,让我们一起并肩作战!

本公众号深耕耘生信领域多年,具有丰富的数据分析经验,致力于提供真正有价值的数据分析服务,擅长个性化分析,欢迎有需要的老师和同学前来咨询。

本文参与 腾讯云自媒体分享计划,分享自微信公众号。
原始发表:2021-03-15,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 生信修炼手册 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体分享计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
推荐阅读
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档