一个测序问题：测序片段长度低于测序仪要求长度会怎样

测序的时候遇到一个比较奇怪的问题。

比如PCR产物100bp，但是用2*250bp的测序仪测。下机数据也是正常的251bp。这时候如果要用Flash拼接正反向序列，就会拼不上。

解决方法是把序列后150bp先切掉，序列只保留产物的长度，再拼接就可以了。

所以为什么产物长度不够250bp也能在2*250bp测序仪上测？

正常的上机序列如下，在PCR产物之外还会有自己的扩增引物，测序引物，index和接头。

测一端的时候从测序引物开始：

单向测序在测完index之后，会有几个终止碱基，几个碱基是告诉测序仪这一端的序列测完了。

按说测完100bp之后应该就停止了。

但是我看了一下所有产物序列，100bp之后的碱基基本都一样，猜测是继续测了下面的接头序列。

这里面有两个问题：

1.不是自己建库，没有接头序列比对，所以是不是接头还存疑。

2.即使继续测下去，单端接头也就大概~60bp。加上之后也就~160bp。且再之后不同序列的碱基一样的很少。

为什么后面还能测出来？

接头后面测出来的又是什么序列？

有大佬知道嘛~