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社区首页 >专栏 >R语言circlize包画圈图的简单小例子~1

R语言circlize包画圈图的简单小例子~1

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用户7010445
发布2021-03-26 15:29:43
发布2021-03-26 15:29:43
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今天去地里干活了,下午7点多才回到学校。所以今天的推文就没有新的学习笔记啦,翻了翻公众号很早之前发过的推文,找出来再重新发一下。

原文地址

https://stats.biopapyrus.jp/r/graph/circos-plot.html

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library(circlize)
library(RColorBrewer)
col<-RColorBrewer::brewer.pal(6,"Paired")
df<-data.frame(chr=sample(c(paste0("chr",1:6)),1000,replace = T),
               x=rnorm(1000),
               y=rnorm(1000))
head(df)
circos.initialize(factors = df$chr,x=df$x)
circos.trackPlotRegion(factors = df$chr,y=df$y,
                       panel.fun = function(x,y){
                         circos.axis()
                       })
for(i in 1:6){
  highlight.sector(sector.index = paste0("chr",i),col=col[i])
  circos.text(CELL_META$xcenter, CELL_META$ycenter,
              labels = paste0("chr",i),sector.index = paste0("chr",i))
}
circos.trackHist(df$chr,df$x,col=col)
circos.link("chr1",0,"chr2",0)
circos.link("chr4",c(-2,0),"chr3",c(-2,2),col="blue")
circos.link("chr4", c(0, 2), "chr6", c(-2, 0), col = "orange")
circos.link("chr5", c(0, 2), "chr1", c(-2, 2), col = "lightgrey")
circos.clear()

image.png

这里遇到一个问题是

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circos.trackPoints(df$chr,df$x,df$y,pch=16,cex=0.5,col=col)
circos.trackHist(df$chr,df$x,col=col)

为什么circos.trackPoints(dfchr,dfx,df

CELL_META$xcenter

CELL_META$ycenter

是哪里来的呀?如果我想把文本放在每个单元格的中间是固定用这两个参数就可以吗?

另外的参数

  • sector.index
  • track.index

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原始发表:2021-03-23,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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