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DnaFeaturesViewer: python里用来画基因结构的模块

用户7010445

发布于 2021-04-21 15:57:16

发布于 2021-04-21 15:57:16

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对应的github主页

https://github.com/Edinburgh-Genome-Foundry/DnaFeaturesViewer

直接使用pip进行安装

pip install dna_features_viewer

image.png

image.png

可以提供gff 格式或者 genbank 格式注释文件，也可以手动输入基因各个特征的位置

试着运行其中的一个例子

image.png

from dna_features_viewer import GraphicFeature, GraphicRecord
features=[
    GraphicFeature(start=0, end=20, strand=+1, color="#ffd700",
                   label="Small feature"),
    GraphicFeature(start=20, end=500, strand=+1, color="#ffcccc",
                   label="Gene 1 with a very long name"),
    GraphicFeature(start=400, end=700, strand=-1, color="#cffccc",
                   label="Gene 2"),
    GraphicFeature(start=600, end=900, strand=+1, color="#ccccff",
                   label="Gene 3")
]
record = GraphicRecord(sequence_length=1000, features=features)
record.plot(figure_width=5)

这里遇到的问题是如何将图片保存下来呢？

可视化展示还有其他更丰富的功能，有时间再来探索

欢迎大家关注我的公众号

小明的数据分析笔记本

小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！

接下来是为了凑字数申请原创的一些内容

这个链接有许多关于python 做生物信息的内容，其中有一个简易版本的基因组浏览器，争取把代码实现一遍

http://dmnfarrell.github.io/

image.png

本文参与腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。

原始发表：2021-04-16，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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