文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-2

本来以为上次原理算看完了，直到我遇见了这个名词

Generalized Kinematic Closure-泛化/广义 KIC？

简介

GeneralizedKIC是现有KIC的推广，通用版本。

GeneralizedKIC适用于任意backbones，以及有侧链、配体等的loop。

它还实现了对RosettaScripts的完全支持，使其易于合并到更复杂的流程中。

RosettaScripts对其支持，使其成为一个功能强大的，用途广泛的工具。

我不是非要en，只是确实找不到合适的中文词来描绘，原词的准确度更高。

案例

适用场景

视觉型学习者加的注释

• 初始给予一个结构，此结构没有支链，但是整体共价连接，形成循环，有明确的、固定的起始点和结束点。我们希望可以拿到一些理想几何结构的替代构象。例如，蛋白质的N-端和C-端通过二硫键连接，人们希望在二硫键保持闭合的条件下，对N-端主链的一小段（a short stretch）、二硫键和C-端主链的一小段（a short stretch）进行采样，拿到一些可用构象。

环肽-->采样-->可用构象

• 如果一个结构的从构象上来看是半开放的，有明确的，固定的起始点和结束点，我们希望对构象进行采样，使其彻底闭合。例如，给定反向平行的β片层，我们希望可以采样到一些发卡构象来连接β片层。这种造成封闭的连接也可以通过侧链或配体来实现。这种封闭也可以通过侧链或配体来实现：比如，我们给定两个含有金属结合氨基酸的片段，我们希望通过采样以便，允许金属离子可以以一种理想的几何构象进行结合。

β片层-->采样获得发卡构象-->闭合β片层

• 给定一个FoldTree的之间的共价连接和一个将共价连接中的原子拉开的结构上的微扰，我们希望找到一个互补的结构微扰来维持闭合的共价几何结构，同时对结构的影响达到最小。

这个暂时不清楚，等以后知道的多了再进行补充。

一般工作流

1.建立或者导入一个结构，此结构必须包括一些residues可以被闭合组成loop（当然这些residues并没有一开始就组成一个闭合loop的需要）

2.确保共价键已经进行了 DeclareBond mover申明（ DeclareBond mover，这玩意儿不懂，明天接着水原理）

3.设置GeneralizedKIC相关选项

4.设置一个或者更多的 GeneralizedKIC扰动，此扰动将会决定loop构象如何变化

5.设置一个或者更多的GeneralizedKIC过滤器

6.设置GeneralizedKIC选择子，此选择子将会挑选出某个构象作为最终的解决方案（以及一个可选的pre-selection mover）