文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-3

参考：https://en.wikipedia.org/wiki/Beta_hairpin

Beta hairpin（ beta-ribbon or beta-beta unit）

简称为β-发夹构象，是一种简单的蛋白结构motif，它包括了两个βsheet（β片层），这个两个片层的组合形态为发卡结构，此motif由两条相临的链构成，反向平行排列（其中一条链的N-末端与另外一条链的C-末端相邻），且由一个由2到5个氨基酸的loop连接。β发夹可以单独出现，也可以由氢键共同组成一系列的发卡结构。

图：

Input and output

GeneralizedKIC将一个由氨基酸共价连接组成的链的pose作为输入(其中有一段loop不需要通过常规backbone连接，也就是不需要酰胺键用于共价连接)。此链的初始状态的构象不需要很合理，也不需要全部都由标准氨基酸组成。

这个pose是rosetta中的一种表示，等后面动手的时候就知道了。

GeneralizedKIC将返回一个pose，在这个pose中，loop被置于一个新的、闭合的构象中（取决于用户指定的采样方法）。

只有loop内的 氨基酸（以及指定的任何 “tail” 氨基酸）将由mover进行移动；其余的氨基酸保持在其起始位置。

FoldTree被GeneralizedKIC mover所忽略，不会被更改。（注：如果预选移动器的定义如GeneralizedKIC selector 中所述，此mover可以更改要关闭的loop外部的几何形状，也可以更改FoldTree。）

如果没有闭合构象被发现，GeneralizedKIC将会返回初始输入构象。如果一个ContingentFilter被应用，那么他的值将会被设置为"false"或者‘true’。

默认情况下，如果找不到解决方案，GeneralizedKIC会将mover状态设置为failure。但是用户可以使用 dontfailifnosolution_found=true来覆盖该状态。

Detailed workflow

1.构建或导入结构。GeneralizedKIC本身不会增加氨基酸或者任何的几何结构（geometry）。例如，如果要构建一个新的loop，必须在调用GeneralizedKIC之前添加新的loop残基。（在RosettaScripts中，PeptideStubMover对于从头开始构建几何结构或向现有几何结构添加氨基酸非常有用。）

2.确定共价连接已经被声明好了。GeneralizedKIC将会移动一些原子来确保几何结构合理，但是他并不会形成新的化学键。（在RosettaScripts，DeclareBond将会让rsoetta知道某个确定的氨基酸是与另外一个氨基酸所共价连接的。）

3.设置GeneralizedKIC一些选项(构象闭合次数，算法是否接受第一个封闭构象，还是从所有的成功闭合构象中进行选择)，在rosettascripts中，可以进行这样的处理。

<MOVERS>
...
     <GeneralizedKIC name="&string" low_memory_mode="(false &bool)" closure_attempts="(100 &int)" stop_if_no_solution="(0 &int)" stop_when_n_solutions_found="(0 &int)" selector="&string" selector_scorefunction="&string" selector_kbt="(1.0 &Real)" contingent_filter="&string" dont_fail_if_no_solution_found="(false &bool)" correct_polymer_dependent_atoms="(false &bool)">
          ...
     </GeneralizedKIC>
...
</MOVERS>

参考：

https://en.wikipedia.org/wiki/Beta_hairpin
https://new.rosettacommons.org/docs/latest/scripting_documentation/RosettaScripts/composite_protocols/generalized_kic/GeneralizedKIC#input-and-output