FindKey-CADD-交流群-半月结-No.1-2021.03.31

Q1：没有编程基础，就能够切割从zinc数据库下载的smi格式的分子文件的方法

A：1，rdkit+Knime；2，随便一个文本编辑器，打开，编辑就可以，用记事本打开 剪切出来-再粘贴到新文件就好了

Q2: ，在分子动力学模拟如何确定手性分子的构象，使其保持r或s，是要改itp文件参数吗？improre项？

就是我的配体小分子是手性的，但是对接，模拟，我没法确定它一定是r还是s

A：初始构象弄好，然后再计算就好了，一般都是这样做手性，约束不能保证完全是R型，先换成手性再加氢，薛定谔换手性，

Q3：大家好，如何确定对接口袋的坐标啊，是根据原有配体确定坐标？有什么软件能确定坐标吗

A：一般是根据原有配体确定，如果没有配体就需要网站去预测结合口袋；

三种方法:晶体结构原配体；关键氨基酸+Getbox插件;服务器预测(zhang-lab or protein plus)

Q4：什么软件能查看残基的坐标

A：文本编辑器打开蛋白里面就是坐标

Q5：大家好，想请教一个问题，是关于配体小分子mapping问题，pdbbind里面同一个配体(结构完全相同)，但是对应的mol2文件中原子编号和顺序不一样，现在想把同一个配体的不同坐标mol2文件的原子编号和顺序mapping一致，大家有什么好的办法吗？比如下面两个分子。

A：可以根据ATOM name，进行坐标重排，BOND那边保持其中一个分子的bond即可，http://chemyang.ccnu.edu.cn/ccb/server/AIMMS/mol2.pdf

q：有的原子没有唯一id

a：先把氢去掉，后期再用软件添加

Q6：有没有含所有激酶结构的数据库？

A：kinase atlas，有所有激酶的晶体

Q7：处理多肽都用啥？加长多肽，减短多肽。比如某部位是直的，我让它变弯

A：Avogadro，Pymol也可以，一些在线免费的网站也很多

用pymol，自己设置a螺旋b折叠

Q8：柔性对接和“全柔性“对接有什么区别

A：全柔对接 只是个别活性位点氨基酸柔性，说明活性位点氨基酸即使结合不同小分子 构象也差不多，

A2:做全柔性可以尝试一下Rosetta，功能比较强大，但是教程很少

Q9：处理蛋白序列时，遇到这种不属于20个氨基酸的X(X=Any amino acid)该怎么处理？想问一下经验

A：看目的吧，最好的自己生成20条出来，一般图省事是用gly代替的

Q10：有没有适合新手的基础的蛋白质结构软件

A：PyMol，Chimerax

Q11：请问大家知道怎么产生手性分子的描述符嘛？大家提取分子描述符一般都用什么软件？

A：分子描述符，1.rdkit;2.openbabel;3CDK;4:padel descriptor;5,pydpi

Q12：如何把sdf格式的小分子转换成pdb格式

A：openbabel

Q13：请问各位老师有没有寻找小分子潜在靶点的方式，网站软件什么的

A：反向对接；网络药理学