文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-7-rosetta-安装以及KIC简单使用

rosetta下载完成之后，直接解压安装

步骤

1. 解压时间会比较长 tar -zxvf rosetta_bin_linux_2021.07.61567_bundle.tgz
2. 解压之后的文件夹
3. 将这个文件路径加到环境变量中 ~/Program/rosetta_bin_linux_2021.07.61567_bundle/main/source/bin 教程在此文件夹中 ~/Program/rosetta_bin_linux_2021.07.61567_bundle/main/demos/tutorials 以及这里 ~/Program/rosetta_bin_linux_2021.07.61567_bundle/main/demos/public
4. 这个文件夹中有教程文件 ～/Program/rosetta_bin_linux_2021.07.61567_bundle/main/demos/tutorials/loop_modeling

教程

1. loop model methods

• CCD (Cyclic coordinate descent) 这通过从预先生成的片段库插入片段来生成环，并且有利地获得闭合构象。
• KIC (Kinematic closure) 这通过分析计算受锚定端点约束的可能构象来生成循环。
• Remodel 这不是一个算法本身，而是一个替代的，对用户友好型的可执行文件（利用CCD和KIC）
• Generalized KIC 它使用与KIC相同的算法，但可以用于任意backbones、通过侧链和其他生物分子形成环

2. 实例

1. 闭合蛋白链中的break point

如果你的蛋白的链是断裂，可能发生在同源建模之后。在这种情况下，没有缺失的残基，只是主干本身没有闭合。

一个示例PDB：3gbn_Ab.pdb，氨基酸127和128之间的连接被切断。为了解决这个问题，我们将使用kinematic closure protocol (KIC).

1. 首先，我们需要编写一个简短的loop file，详细说明哪些氨基酸将被建模为loop，以及cutpoint在哪里。 `LOOP 125 130 0 0 1` 上述文本中的第2和3列对应loop开始和结束氨基酸。第4列表示foldtree 中的cut point，以允许loop中的运动，而不是通过蛋白质的其余部分。它必须介于起始氨基酸和结束氨基酸之间（包括两者）。0是默认选项，允许Rosetta选择一个切割点。请注意，loop文件中的氨基酸编号不是基于PDB编号，而是基于Rosetta内部编号。第5列表示skip rate,我们将其设置为0。将最后一列设置为1，使Rosetta从extended structure开始构建。
2. 运行命令：>
3. 输出 chainbreak_fix.fasc SEQUENCE: SCORE: total_score bref_irms cen_irms chainbreak dslf_fa13 fa_atr fa_dun fa_elec fa_intra_rep fa_intra_sol_xover4 fa_rep fa_sol final_chainbreak final_looprelax_score hbond_bb_sc hbond_lr_bb hbond_sc hbond_sr_bb irms lk_ball_wtd loop_cenrms loop_rms omega p_aa_pp pro_close rama_prepro ref total_energy yhh_planarity description SCORE: -356.025 0.089 0.089 0.269 -1.152 -1227.916 295.570 -357.142 2.219 35.264 207.461 705.612 0.269 -356.025 -37.749 -103.134 -34.703 -15.874 0.060 -17.254 0.000 0.000 60.519 -42.346 22.544 53.628 98.341 -356.025 0.086 3gbn_Ab_0001 SCORE: -327.716 0.178 0.178 0.244 -1.152 -1223.716 301.451 -354.286 2.234 35.337 216.983 705.042 0.244 -327.716 -37.495 -103.501 -34.570 -15.874 0.075 -16.668 0.000 0.000 61.758 -40.146 22.667 55.770 98.341 -327.716 0.109 3gbn_Ab_0002 SCORE: -306.594 0.412 0.412 0.536 -1.152 -1224.753 307.682 -352.484 2.294 35.242 225.738 710.322 0.536 -306.594 -37.057 -100.124 -32.980 -15.874 0.300 -18.297 0.000 0.000 60.734 -42.005 25.503 52.166 98.341 -306.594 0.109 3gbn_Ab_0003 SCORE: -342.879 0.084 0.084 0.244 -1.152 -1224.023 293.215 -354.461 2.221 35.249 211.688 702.748 0.244 -342.879 -36.666 -101.743 -34.703 -15.874 0.109 -17.710 0.000 0.000 62.443 -41.290 22.993 55.729 98.341 -342.879 0.116 3gbn_Ab_0004 SCORE: -350.770 0.127 0.127 0.278 -1.152 -1226.586 295.329 -357.174 2.213 34.830 209.056 706.663 0.278 -350.770 -36.841 -104.089 -34.733 -15.874 0.069 -17.424 0.000 0.000 59.988 -41.106 22.196 55.474 98.341 -350.770 0.118 3gbn_Ab_0005
   • 输出的一些结构文件

2. 将loop model与其他的protocol结合在一起

“loopmodel”和“remodel”应用程序使用KIC算法，其范围限制在，线性蛋白，蛋白主干。为了在主链、侧链、非标准氨基酸等结构中形成共价键，可以采用Generalized KIC protocol。Protocol的完整文件可在此处查阅.由于此protocol通常用于高级用例，因此它通常需要与其他Rosetta protocol相结合。在本教程中，我们将不介绍使用Generalized KIC的示例。上面链接的文档中提供了用例和示例的详细列表。

Generalized KIC不能作为可执行文件使用；它需要通过rosetta scripts使用