chemfig化学式转换为pdf

JadePeng

发布于 2021-04-27 16:26:15

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发布于 2021-04-27 16:26:15

SMILES 与 chemfig

针对化学分子结构，可以用SMILES （用ASCII字符串明确描述分子结构的规范）来定义。

SMILES（Simplified molecular input line entry specification），简化分子线性输入规范，是一种用ASCII字符串明确描述分子结构的规范。SMILES由Arthur Weininger和David Weininger于20世纪80年代晚期开发，并由其他人，尤其是日光化学信息系统有限公司（Daylight Chemical Information Systems Inc.），修改和扩展

但是SMILES需要一定的化学基础，而chemfig则是从图形层面定义了一套规范，方便定义和显示化学式。当然，SMILES可以方便的转换到chemfig.

比如:

CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C

可通过mol2chemfig进行转换：

mol2chemfig -wz -i direct 'CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C' > caffeine.tex

转换后：

\chemfig{-[:138]N-[:84]=^[:156]N-[:228]=[:300](-[:240](-[:180]N(-[:240]%
)-[:120](-[:60]N(-[:120])-)=[:180]O)=[:300]O)-[:12]\phantom{N}}

chemfig 转换为pdf

我们可以通过pdflatex（textlive的一个工具）来转换tex为pdf：

拉取txtlive镜像：

docker pull listx/texlive:2020
docker run -it --rm -v `pwd`:/app listx/texlive:2020 bash

公司内部可以使用镜像：hub.iflytek.com/ainote/texlive:2020

然后用pdflatex转换。首先，我们生成一个tex文件test.tex，一个空tex文件，使用mol2chemfig(可从mol2chemfig下载),中间放上\chemfig{H_3C-[:30]N**6(-(=O)-(**5(-N(-CH_3)--N-))--N(-CH_3)-(=O)-)}，

\documentclass{minimal}
\usepackage{xcolor, mol2chemfig}
\usepackage[margin=(margin)spt,papersize={%(width)spt, %(height)spt}]{geometry}

\usepackage[helvet]{sfmath}
\setcrambond{2.5pt}{0.4pt}{1.0pt}
\setbondoffset{1pt}
\setdoublesep{2pt}
\setatomsep{%(atomsep)spt}
\renewcommand{\printatom}[1]{\fontsize{8pt}{10pt}\selectfont{\ensuremath{\mathsf{#1}}}}

\setlength{\parindent}{0pt}
\setlength{\fboxsep}{0pt}
\begin{document}
\vspace*{\fill}
\vspace{-8pt}
\begin{center}

\chemfig{H_3C-[:30]N**6(-(=O)-(**5(-N(-CH_3)--N-))--N(-CH_3)-(=O)-)}

\end{center}
\vspace*{\fill}
\end{document}

然后执行转换：

pdflatex -interaction=nonstopmode  test.tex

等待1~2s，可以看到生成的pdf，打开：

如何返回给前端呢，可以读取文件，然后转换为base64，python代码：

pdfstring = open('test.pdf').read()
encoded = base64.encodestring(pdfstring)
pdflink = "data:application/pdf;base64,{}".format(encoded)

感谢您的认真阅读。

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原始发表：2021-04-25 ，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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