生信必备技能——Cytoscape

如果大家对我六年前的表达芯片的公共数据库挖掘系列教程还有印象；

• 解读GEO数据存放规律及下载，一文就够
• 解读SRA数据库规律一文就够
• 从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够
• GSEA分析一文就够（单机版+R语言版）
• 根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的
• 差异分析得到的结果注释一文就够

就应该会纳闷，为什么拿到了差异基因并且注释后就结束了，明明大量的数据挖掘文章都有一个网络图并且找hub基因啊！

主要是因为，这个步骤呢，主要并不是R代码完成，是需要把差异基因列表输入到string这个网页工具（https://string-db.org/），获取PPI然后导入cytoscape软件，这些过程需要大量的截图才能说清楚事情。而我这样超级懒货肯定是不愿意耗费时间在这些方面，不过架不住有需求的粉丝多，大量的私信和群聊提问都表明了需要cytoscape制作网络图的教程。

那我们就一步到位，与其使用大量截图并且还耗费时间排版在公众号才能教会大家一个软件的用法，何不直接进行钉钉群在线直播互动授课呢？于是就有了我们的这个cytoscape制作网络图的课程啦！

一、背景

• cytoscape 目前是最出名的网络可视化神器，免费，零代码，过2万的引用率是最强大的口碑.

• 它支持的网络种类很多,比如蛋白互作（PPI）、转录调控网络图（TF-target）、网络聚类模块分析（Module）、miRNA调控靶标基因网络图、竞争性内源RNA网络（ceRNA）、通路交互网络（pathway-crosstalk）。

二、课程目录

1. Cytoscape 简介
2. 绘制：蛋白互作网络(string PPI)
3. 绘制：miRNA 调控网络
4. 插件：cytoHubba （关键基因）
5. 插件：MCODE （关键子网络）
6. 插件：stringAPP （蛋白互作网络）
7. 插件：BiNGO （GO富集）

三、结果展示

1. 蛋白互作网络

2. miRNA 调控网络

3. cytoHubba

4. MCODE

5. stringAPP

6. BiNGO

因为这个cytoscape软件并不是很方便下载，而且上面大量的插件都比较麻烦，所以我们打包了它们在百度云盘和腾讯微云给大家，还包括一些图文并茂的教程，而且提供微信交流群方便大家互相帮助，分享高分文章的绚丽的网络图。