细胞亚群注释神器SingleR把它的参考数据库放在了celldex包

生信技能树

发布于 2021-04-30 15:01:15

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发布于 2021-04-30 15:01:15

我们分享过单细胞转录组下游的降维聚类分群的很多例子，比如：人人都能学会的单细胞聚类分群注释 ，就是使用了SingleR对细胞亚群进行生物学命名！

最近在这个教程下面看到了一下留言，说下载SingleR 的数据库失败。我帮忙看了看，注意到 Revised: June 14th, 2020的时候SingleR 1.4.1 ，里面使用了下面的代码获取参考数据库:

library(celldex)
hpca.se <- HumanPrimaryCellAtlasData()
hpca.se

也就是说，SingleR 这个包本身并不会自带数据库啦，而是专门的把数据库文件丢给了celldex包。如果你不熟悉bioconductor包，可以先搜索了解一下。发布在bioconductor的包主要是生物信息学相关，在官方可以看到其主要是分成3类：

软件方面的包（包括各种芯片数据处理，NGS数据处理，差异分析等等！）
注释方面的包(第二类是一系列的基因组注释包，主要是各种ID的转换，kegg或者GO这样的功能注释，还有其它基因信息注释，转录本，外显子起始终止等等)
实验数据的包(每一个实验数据包都是一篇优秀的生物信息学分析文章，分析方法，思路都是值得学习的！)

不过，bioconductor除了罗列这3种包，还给了一些其它资源，比如：

S4对象的讲解(这个是综合性质的讲解，因为bioconductor系列的包的基础就是一系列对象及函数，需要细致的讲解)

分析流程的讲解

AnnotationWorkflow (3) BasicWorkflow (5) EpigeneticsWorkflow (4) GeneExpressionWorkflow (11) GenomicVariantsWorkflow (2) ImmunoOncologyWorkflow (14) ProteomicsWorkflow (2) ResourceQueryingWorkflow (2) SingleCellWorkflow (2)

其它学习资源收集与翻译( bioconductor牵头的一些网络公开课或者研讨会)

目前这个celldex包并没有发布在bioconductor

安装方法是：

install.packages("remotes")
remotes::install_github("LTLA/celldex")

celldex包里面的更多数据库如下所示：

library(celldex)
ref <- HumanPrimaryCellAtlasData() 
ref <- BlueprintEncodeData() 
ref <- MouseRNAseqData() 
ref <- ImmGenData() 
ref <- DatabaseImmuneCellExpressionData() 
ref <- NovershternHematopoieticData() 
ref <- MonacoImmuneData()

如果你下载失败，就需要考虑切换网络，或者求助海外朋友帮你下载。他需要使用下面的代码：

library(celldex)
ref <- HumanPrimaryCellAtlasData() 
save(ref,file = 'HumanPrimaryCellAtlasData.Rdata')
ref <- BlueprintEncodeData() 
save(ref,file = 'BlueprintEncodeData.Rdata')
ref <- MouseRNAseqData() 
save(ref,file = 'MouseRNAseqData.Rdata')
ref <- ImmGenData() 
save(ref,file = 'ImmGenData.Rdata')
ref <- DatabaseImmuneCellExpressionData() 
save(ref,file = 'DatabaseImmuneCellExpressionData.Rdata')
ref <- NovershternHematopoieticData() 
save(ref,file = 'NovershternHematopoieticData.Rdata')
ref <- MonacoImmuneData()
save(ref,file = 'MonacoImmuneData.Rdata')

如果你还使用的是旧版R包，会出现如下所示的提示：

> library(SingleR)

Attaching package: ‘SingleR’

The following objects are masked from ‘package:celldex’:

    BlueprintEncodeData, DatabaseImmuneCellExpressionData, HumanPrimaryCellAtlasData,
    ImmGenData, MonacoImmuneData, MouseRNAseqData, NovershternHematopoieticData

得到的文件大小如下：

   14M Apr 14 21:51 BlueprintEncodeData.Rdata
  292M Apr 14 21:52 DatabaseImmuneCellExpressionData.Rdata
   42M Apr 14 21:51 HumanPrimaryCellAtlasData.Rdata
   56M Apr 14 21:51 ImmGenData.Rdata
   24M Apr 14 21:52 MonacoImmuneData.Rdata
   16M Apr 14 21:51 MouseRNAseqData.Rdata
  8.6M Apr 14 21:52 NovershternHematopoieticData.Rdata

这些Rdata文件只需要通过网络传递给你，你load进入即可，无需再使用函数实时联网下载数据库啦！

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原始发表：2021-04-14，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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