关闭 ​cytoscape的十大插件之之三--stringApp

五一劳动节，连续五天，在钉钉群直播互动授课带领大家系统性掌握cytoscape软件的使用方法和技巧！见：生信必备技能——Cytoscape

下面是cytoscape讲师的笔记

一、stringApp插件

• 蛋白质网络一直是我们分析和可视化大量蛋白质和基因的工具。其中，最耳熟能详的是STRING数据库（https://string-db.org/），其适用物种有2000多个，能检索出编码蛋白间可能的潜在相互作用，例如物理接触、靶向调节等，最终阐述生物体中有意义的分子调节网络。
• 但有个缺点：STRING数据库网页版只适用于构建小型网络。如要构建大型蛋白互相网络，这个网页版恐怕无法满足我们需求。
• 而这Cytoscape软件中的stringApp插件有以下好处：
  • 更适用于大型网络
  • 对导入数据的可视化提供更大的灵活性
  • 可与Cytoscape软件中其他插件联合进行数据分析
  • 免费使用

二、操作演示

1. 插件下载

• 下载安装的插件方法都一样，都是通过点击 Apps→App Manager
• 在 Search 中输入所需要的插件：stringApp。之后点击右下角的install，因为我已经下载好了所以这边是显示灰色。

2. 应用及保存

2.1 导入基因

• 导入基因，点击图标，选择所需要的STRING类型，这里选择STRING protein query
• 随后在右边窗口输入需要分析的基因
• 按ctrl+回车 启动分析

• 不同数据库构建的网络不同，比较常用的是蛋白质互作网络（STRING：protein query）

2.2 扩展功能

2.2.1 外观

• 可调整大小及旋转

2.2.2 扩展网络

• 点击Apps----STRING
• 有三个主要功能：

• 而results panel主要是指网络图右方的控制面板

• 每个选项都有不同的功能，大家可以随意勾选尝试下网络图有哪些变化

2.2.3 富集功能

• 富集分析：

• 点击Apps---STRING Enrichment---Retrieve function enrichment进行富集分析

• 结果出现在网络图的下方。包含富集名称，FDR值，基因数目及名称
• 富集的类别有六种：GO Biological Process, GO Molecular Function, GO Cellular Component, KEGG Pathways, PFAM, and InterPro protein domains.
• 点击Apps---STRING Enrichment---Export enrichment results进行导出保存

三、总结

• stringApp功能主要为：
  • 构建大规模的蛋白质作用网络
  • 灵活扩展网络，增加基因，美化外观
  • 富集分析
• 但是如今stringApp在文献中仍然使用不多，大家仍倾向于使用STRING网站构建蛋白质相互作用网络，但其实两者求出来的网络基本相同，并且如果STRING网站出来的网络外观不满意的话，仍需要调入cytoscape进行分析，这样对比使用stringApp就可以一步到位了。

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