杂记：NCBI下载测序数据；小麦GO富集分析

NCBI下载原始数据

我是使用conda安装的这个软件，首先激活虚拟环境

conda activate download_raw_data

下载

prefetch SRR10193119

image.png

默认是保存在 ncbi 文件夹下，这个相对还是挺快的，2.5个G，4分钟左右就下载好了

这样是sra格式的数据，还需要借助 fasterq-dump转换成 fastq

fasterq-dump --split-files SRR10193119.sra 

image.png

下载的时候也可以指定数据类型

 prefetch --type fastq -O ./ SRR8502595

但是好像不管用，还是sra格式的数据 -O 指定下载文件的存储位置

小麦做GO富集分析

找到了一个在线工具，直接上传 geneid 就可以 , 链接是 http://wheat.cau.edu.cn/TGT/m3/?navbar=Home

image.png

工具对应的论文

A Collinearity-Incorporating Homology Inference Strategy for Connecting Emerging Assemblies in the Triticeae Tribe as a Pilot Practice in the Plant Pangenomic Era

image.png

没太看明白论文的研究内容是啥，还得多看几遍

说回富集分析

image.png

这个看起来好像是shiny应用，出结果还能画图，但是结果图不太好看的话，我们可以自己来画，模仿clusterProfiler的结果

如何画有时间再来研究吧

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