可能会用到的30个R语言包~第四期
可能会用到的30个R语言包~第四期
1 webshot
在 生信星球 公众号看到的推文 听说你的桑基图也无法保存？ 主要功能是可以把html文件保存为 png 或者 pdf 格式
2 pez
系统全面的系统发育R包
3 ggprism
在 YuLabSMU 公众号看到的推文 用ggplot2出GraphPad prism的图，坐标轴好多可选
4 r3dmol
在 YuLabSMU 公众号看到的推文 在R中对分子结构进行3D可视化
5 epiR
该包集合了流行病学中诸多描述性分析的函数。其中epi.tests函数专门用于计算诊断试验的灵敏度、特异度及预测值等指标。详细介绍可以看链接 https://rpubs.com/maomaoworm/690424
6 GGally的ggpairs()函数
展示多变量两两之间相关系数，参考链接 https://rpubs.com/nabiilahardini/wheatseed
image.png
7 ggeconodist
可以话另类的箱线图 安装
install.packages("ggeconodist",repos = "https://cinc.rud.is")
library(ggeconodist)
ggplot(df,aes(x=Type,y=value))+
geom_econodist()+
theme_bw()
image.png
8 ggThemeAssist
通过鼠标点点点的方式更改ggplot2作图的一些细节 主页 https://github.com/calligross/ggthemeassist，我个人还是还是不太喜欢这种形式
9 samr
小白鱼的生统笔记推文 R包samr，一种鉴定差异表达基因的非参数方法
10 TCseq
分析基因表达的时间趋势 公众号 小白鱼的生统笔记 推文
11 Mfuzz
分析基因表达的时间趋势 公众号 小白鱼的生统笔记 推文
12 prettydoc
漂亮的rmarkdown风格，公众号 育种数据分析之放飞自我 推文 炫酷rmarkdown不同风格
13 DataEditR
类似于excel的功能，对R语言已经读入的数据进行修改 知乎文章 真香！Rstudio也能像Excel一样进行数据整理啦
14 pak
公众号 YuLabSMU 推文 装R包总莫名其妙报错，你应该试试pak
15 ggiraphExtra
有一个很方便绘制饼图的函数
16 genbankr
R语言里读取解析genbank格式文件，叶绿体基因组画圈图的那个工具Chloroplot用到了这个包
17 customLayout
R语言里用来拼图的包，功能很强大 可以参考公众号 推文 一个敲有趣的R语言拼图工具，一下是拼图的一些结果
image.png
image.png
18 vhs
R语言里配色的包 简书 益民长老厂长 的推文 R中的艺术调色板之VHS https://www.jianshu.com/p/ea6de13887ee ；基于空白VHS盒式磁带包装设计的调色板（这句话是啥意思？）
19 tastypie
绘制漂亮的饼图的R版 公众号 R语言统计与绘图 推文 tastypie包，绘制漂亮的饼图R包
image.png
image.png
20 lemon
可以很方便的操作ggplot2的图例和坐标轴 参考 https://cran.r-project.org/web/packages/lemon/vignettes/legends.html#complex-layout-with-grid_arrange_shared_legend
21 dtplyr
在一个讨论群里看到有人推荐，dplyr的语法，data.table的速度
22 ezcox
公众号 优雅R 看到的推文 还在手动绘制生存分析森林图？不妨试试ezcox 很方便的做Cox回归分析模型和森林图
23 ggstream
公众号 DataCharm 看到的推文 河流图绘制技巧分享 之前有人在公众号留言问过鱼型图，但是自己也不知道，不过好像就是这个
24 ggnewscale
github主页 https://github.com/eliocamp/ggnewscale 比如两组数据同时画到一张图上，每组数据都分别映射颜色，这个时候如果要用scale_color_manual()更改颜色的话是不能按照不同的数据集来修改的，这个时候可以用这个包中的函数
如下代码
library(ggnewscale)
library(ggplot2)
df1<-data.frame(A=1:4,
B=LETTERS[1:4])
df2<-data.frame(A=4:1,
B=LETTERS[5:8])
ggplot()+
geom_col(data=df1,aes(x=B,y=A,fill=B))+
scale_fill_manual(values = c("red","red","red","red"))+
new_scale_fill()+
geom_col(data=df2,aes(x=B,y=A,fill=B))+
scale_fill_manual(values = rep("blue",4))
结果
可以试试把代码new_scale_fill()去掉
25 ggh4x
公众号 R语言数据分析指南 看到推文 通过ggh4x调整图形刻度
图片来自于公众号 R语言数据分析指南
如果只用gplot2的函数把坐标调整成这种效果，还是不太容易的
26 visdat
可视化展示数据框中的变量类型和缺失值 代码
install.packages("visdat")
library(visdat)
library(ggplot2)
msleep
vis_dat(msleep)+
scale_fill_manual(values = c("#1f78b4", "#33a02c", "#e31a1c"))
image.png
27 gghalves
云雨图
28 ggsignif
添加显著性星号
29 job
生信星球公众号 看到的推文 简单一个R包，解放你的Rstudio console 主要作用，如果命令运行时间过长，是不能运行下一步命令的，这个包里可以将时间比较长的命令放到后台
30 paletteer
功能强大的配色R包 公众号 R语言统计与绘图 最强配色R包，1个包，2100来个调色板
欢迎大家关注我的公众号
小明的数据分析笔记本
小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！