文章题目:Co-evolution of tumor and immune cells during progression of multiple myeloma 作者:华盛顿大学Li Ding团队 链接:https://www.nature.com/articles/s41467-021-22804-x 发表期刊:Nature Communications 日期:07 May 2021
左边是所有的病人样本,采用了很多技术:10xWGS, scRNA, Bulk RNA, WES, WGS。至少一个样本同时利用了scRNA-seq和10x Genomics linked-read whole-genome sequencing (10xWGS)
右边是每个病人的治疗过程
又看了14个病人的拷贝数变异、结构变异、驱动突变
先看每个病人的细胞组分:
然后是不同时期的病人整合
又加入了4个健康人的数据作参考,看不同病人肿瘤免疫微环境的差异
组合了21个肿瘤样本和4个正常样本的B细胞、浆细胞
Smoldering multiple myeloma (SMM) is an early precursor to a rare blood cancer known as multiple myeloma, which affects plasma cells.
病人(58408)的SMM和初期阶段都可以将浆细胞分成两群
然后要研究肿瘤初期的浆细胞是不是来自SMM时期,于是把两个时期的细胞整合在一起,发现:两个时期的cluster1和cluster2都分别混在了一起
之后又比较了这些cluster之间的基因组变异和表达量差异,发现SMM和primary stage的cluster1都出现了chr13拷贝数缺失,而它们的cluster2都是正常的拷贝数;另外chr5和chr15也表现一致,说明:Primary 的第1亚群可能来自SMM的第1亚群,Primary 的第2亚群可能来自SMM的第2亚群
然后同样又对另外的两个病人 (47491 and 37692) 进行同样分析,得到结论:从SMM到初期,浆细胞的亚群是保持稳定的
利用病人(27522)4个时期的数据:
初期有4个亚群 (P.1–P.4),除了P.4都表现了chr13的部分缺失
之后看了Remission (RM), Relapse-1 (RL1), and Relapse-2 (RL2) 三个时期,发现:
结论:从初期到复发,浆细胞亚群出现了动态的拷贝数增加和缺失
其中AP-1高表达的亚群可能是骨髓瘤的发展过程中的重要一环
提出了一个AP-1对表型影响的机制模型: