我在我在04-转录组笔记推文任务列表(半年期)里面安排了6个经典综述和10篇转录组应用文献给大家,可惜愿意沉下心了认真苦学的并不多。(https://share.mubu.com/doc/14uneHKvPg)
所以安排转录组讲师给大家做一下领读:
下面是转录组讲师的投稿
Date:2020-09-11 Author:jzhang
标题:Targeting YAP1/LINC00152/FSCN1 Signaling Axis Prevents the Progression of Colorectal Cancer
标题:靶向YAP1/LINC00152/FSCN1信号轴可防止结直肠癌的进展
作者:Jian Ma,中南大学
杂志:Adv Sci (Weinh)(IF15.84),Published online: December 5, 2019
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE132519
RNA测序:四个直肠癌HCT116细胞系,测序平台HiSeq X Ten
GSM3872544 Human colon cancer cell line HCT116 was transfected with a control non-targeting siRNA, biological rep 1
GSM3872545 Human colon cancer cell line HCT116 was transfected with a control non-targeting siRNA, biological rep 2
GSM3872546 Human colon cancer cell line HCT116 was transfected with LINC00152 siRNA, biological rep 1
GSM3872547 Human colon cancer cell line HCT116 was transfected with LINC00152 siRNA, biological rep 2
主要的分析是:
首先使用siRNA处理的YAP1沉默表达细胞系和对照组细胞系的lncRNA表达谱(GSE92335),以此找到YAP1相关的lncRNA。随后在GEO数据库中验证(GSE41328 and GSE9348)。
转录组的标准分析,比较容易复现,基本上看我六年前的表达芯片的公共数据库挖掘系列推文即可;
找到了一个lncRNA LINC00152,具体表现为:
以上结果的图:
此部分是为了确定YAP1与LIC00152之前的调控关系,结果如下:
以上所有结果的结论就是YAP1可以在TEAD1的协助下调控LINC00152。
为了检测LINC00152是否与CRC进展相关,进行了4个细胞系的RNA-Seq测序(两个对照,两个靶向LINC00152的siRNA细胞系)。
LINC00152高表达的细胞系与低表达的相比,得到的差异表达基因数集的富集分析以及两个表型之间的GSEA分析表明LINC00152在CRC肿瘤发生和转移中起重要作用。
文章中主要使用RNA-Seq的地方就是对四个细胞系进行了测序(两个对照样本,两个沉默表达LINC00152的样本),为了研究LINC00152的表达变化引起了哪些mRNA的改变以及相应的功能。
LINC00152的抑制表达影响的通路有colorectal cancer signaling pathway, adherent junction, and apoptosis等。
GSEA结果:cell cycle, metastasis, cytoskeleton, and vascular endothelial growth factor A signaling。
mesenchymal markers:Vimentin and β-catenin
G1-S transition-promoting markers:Cyclin D1 and CDK4
epithelial marker:E-cadherin
cell cycle G1-S transformation-inhibiting marker :p27
文章中提到的siRNA和shRNA的区别和作用:http://www.labome.cn/method/siRNAs-and-shRNAs-Tools-for-Protein-Knockdown-by-Gene-Silencing.html
一图查看区别和作用