线性判别分析之python代码分析
前几天主要更新了一下机器学习的相关理论，主要介绍了感知机，SVM以及线性判别分析。现在用代码来实现一下其中的模型，一方面对存粹理论的理解，另一方面也提升一下代码的能力。本文就先从线性判别分析开始讲起，不熟悉的可以先移步至线性判别分析（Linear Discriminant Analysis, LDA） - ZhiboZhao - 博客园 (cnblogs.com)对基础知识做一个大概的了解。在代码分析过程中，本文重点从应用入手，只讲API中最常用的参数，能够完成任务即可。 本文代码参考链接：https://github.com/han1057578619/MachineLearning_Zhouzhihua_ProblemSets
一、数据准备
数据集部分我采用周志华《机器学习》书中的 watermelon数据集，数据集前5行如下：
编号 | 色泽 | 根蒂 | 敲声 | 纹理 | 脐部 | 触感 | 密度 | 含糖率 | 好瓜 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | 青绿 | 蜷缩 | 浊响 | 清晰 | 凹陷 | 硬滑 | 0.697 | 0.46 | 是 |
2 | 乌黑 | 蜷缩 | 沉闷 | 清晰 | 凹陷 | 硬滑 | 0.774 | 0.376 | 是 |
3 | 乌黑 | 蜷缩 | 浊响 | 清晰 | 凹陷 | 硬滑 | 0.634 | 0.264 | 是 |
4 | 青绿 | 蜷缩 | 沉闷 | 清晰 | 凹陷 | 硬滑 | 0.608 | 0.318 | 是 |
5 | 浅白 | 蜷缩 | 浊响 | 清晰 | 凹陷 | 硬滑 | 0.556 | 0.215 | 是 |
1.1 读取数据：
import pandas as pd
data_path = './watermelon3_0_ch.csv'
data = pd.read_csv(data_path).values # 读取数据并转为np.array类型这里主要运用 pd.read_csv() 进行 .csv 文件的读取，该模块主要用到的参数如下：
pd.read_csv(file_path, sep, header)其中：file_path 是目标文件的路径；sep 是目标文件中的分隔符，默认 .csv 文件以 ‘,’ 分隔；header 是整数类型的，它的数值决定了读取 .csv 文件时从第几行开始。举个例子：
# header = 0, 默认第0行为表头，从表头往下开始读取
head_0 = pd.read_csv(data_path, header = 0)
# header = 1, 默认第1行为表头，从表头往下开始读取
head_0 = pd.read_csv(data_path, header = 1)header_0的结果为：
编号 | 色泽 | 根蒂 | 敲声 | 纹理 | 脐部 | 触感 | 密度 | 含糖率 | 好瓜 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | 青绿 | 蜷缩 | 浊响 | 清晰 | 凹陷 | 硬滑 | 0.697 | 0.46 | 是 |
2 | 乌黑 | 蜷缩 | 沉闷 | 清晰 | 凹陷 | 硬滑 | 0.774 | 0.376 | 是 |
header_1的结果为：
1 | 青绿 | 蜷缩 | 浊响 | 清晰 | 凹陷 | 硬滑 | 0.697 | 0.46 | 是 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2 | 乌黑 | 蜷缩 | 沉闷 | 清晰 | 凹陷 | 硬滑 | 0.774 | 0.376 | 是 |
3 | 乌黑 | 蜷缩 | 浊响 | 清晰 | 凹陷 | 硬滑 | 0.634 | 0.264 | 是 |
1.2 对数据进行 "one-hot" 编码
我们以二维线性判别分析为例，只根据 "密度" 和 "含糖量" 来确定是否是好瓜
X = data[:, 7:9].astype(float) # 提取密度和含糖量的数据作为输入特征
y = data[:, 9] # 提取最后一列作为判别类型
y[y == '是'] = 1 # 需要进行one-hot编码，将瓜分类
y[y == '否'] = 0
y = y.astype(int)
'''
以好瓜/坏瓜 来对样本进行分类
'''
pos = y == 1, neg = y == 0 # 分别找到正负样本的位置
X0 = X[neg]， X1 = X[pos] # 以提取正负样本的输入特征二、线性判别分析
2.1 根据对应模型进行求解
从上一讲中我们得到，线性分类判别模型的最优解为：
w=S−1w(u0−u1)w=Sw−1(u0−u1)
其中，
u0=1m∑i=1mxi,u1=1n∑i=1nxiSw=1m∑i=1m(xi−u0)(xi−u0)T+1n∑i=1n(xi−u1)(xi−u1)Tu0=1m∑i=1mxi,u1=1n∑i=1nxiSw=1m∑i=1m(xi−u0)(xi−u0)T+1n∑i=1n(xi−u1)(xi−u1)T
这里面注意一点，为了更符合人的理解习惯，我们在公式 (3) 中，定义的 SwSw 是单个向量相乘之后求和；但是矩阵形式则更方便被计算机描述，设 X0=x1,x2,...,xmT,X1=x1,x2,...,xnTX0=x1,x2,...,xmT,X1=x1,x2,...,xnT，由于 xi∈Rp×1xi∈Rp×1，因此X0,X1∈Rm×pX0,X1∈Rm×p，改写成矩阵形式：
Sw=1m(X0−u0)T(X0−u0)+1n(X1−u1)T(X1−u1)Sw=1m(X0−u0)T(X0−u0)+1n(X1−u1)T(X1−u1)
于是，对应代码为：
u0 = X0.mean(0, keepdims=True) # (1, p)
u1 = X1.mean(0, keepdims=True)
sw = np.dot((X0 - u0).T, X0 - u0) + np.dot((X1 - u1).T, X1 - u1)
w = np.dot(np.linalg.inv(sw), (u0 - u1).T).reshape(1, -1) # (1, p)说明：
mean() 函数在指定维度上求均值，由于 X0∈Rm×pX0∈Rm×p，所有指定维度为0之后相当于对所有 mm 个样本进行求平均，得到 u0∈R1×pu0∈R1×p
2.2 模型可视化
这一部分代码主要是绘图的一些格式，本文就不多做解释了。
fig, ax = plt.subplots()
ax.spines['right'].set_color('none')
ax.spines['top'].set_color('none')
ax.spines['left'].set_position(('data', 0))
ax.spines['bottom'].set_position(('data', 0))
plt.scatter(X1[:, 0], X1[:, 1], c='k', marker='o', label='good')
plt.scatter(X0[:, 0], X0[:, 1], c='r', marker='x', label='bad')
plt.xlabel('密度', labelpad=1)
plt.ylabel('含糖量')
plt.legend(loc='upper right')
x_tmp = np.linspace(-0.05, 0.15)
y_tmp = x_tmp * w[0, 1] / w[0, 0]
plt.plot(x_tmp, y_tmp, '#808080', linewidth=1)
wu = w / np.linalg.norm(w)
# 正负样板店
X0_project = np.dot(X0, np.dot(wu.T, wu))
plt.scatter(X0_project[:, 0], X0_project[:, 1], c='r', s=15)
for i in range(X0.shape[0]):
plt.plot([X0[i, 0], X0_project[i, 0]], [X0[i, 1], X0_project[i, 1]], '--r', linewidth=1)
X1_project = np.dot(X1, np.dot(wu.T, wu))
plt.scatter(X1_project[:, 0], X1_project[:, 1], c='k', s=15)
for i in range(X1.shape[0]):
plt.plot([X1[i, 0], X1_project[i, 0]], [X1[i, 1], X1_project[i, 1]], '--k', linewidth=1)
# 中心点的投影
u0_project = np.dot(u0, np.dot(wu.T, wu))
plt.scatter(u0_project[:, 0], u0_project[:, 1], c='#FF4500', s=60)
u1_project = np.dot(u1, np.dot(wu.T, wu))
plt.scatter(u1_project[:, 0], u1_project[:, 1], c='#696969', s=60)
ax.annotate(r'u0 投影点',
xy=(u0_project[:, 0], u0_project[:, 1]),
xytext=(u0_project[:, 0] - 0.2, u0_project[:, 1] - 0.1),
size=13,
va="center", ha="left",
arrowprops=dict(arrowstyle="->",
color="k",
)
)
ax.annotate(r'u1 投影点',
xy=(u1_project[:, 0], u1_project[:, 1]),
xytext=(u1_project[:, 0] - 0.1, u1_project[:, 1] + 0.1),
size=13,
va="center", ha="left",
arrowprops=dict(arrowstyle="->",
color="k",
)
)
plt.axis("equal") # 两坐标轴的单位刻度长度保存一致
plt.show()
self.w = w
self.u0 = u0
self.u1 = u1
return self最终得到的分类结果图如下：
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