lncRNA组装流程的软件介绍之aspera

生信技能树

发布于 2021-07-06 14:56:22

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发布于 2021-07-06 14:56:22

文章被收录于专栏：生信技能树

咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！

下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程

Aspera是IBM公司的一款高速传输软件，创造了新一代的传输技术(faspTM)，并能不受文件大小、形态、传输距离、网络条件限制，以最高效的速度来协助用户迁移各地的数据。使用 fasp传输专利技术，充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件，传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍。

一、软件安装

使用conda安装

conda install -y -c hcc aspera-cli

conda install -y -c bioconda sra-tools

which ascp 

ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh # 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪

二、aspera的用法

安装完成以后，可以使用ascp --help来查看软件的帮助文档。

1. 软件用法：

2. 常用参数：

-T  # 不进行加密。若不添加此参数，可能会下载不了。
-i string  #输入私钥，服务器一般使用asperaweb_id_dsa.openssh # 文件作为私钥。
-k #断点续传，一般设置为值1
-l string  # 设置最大传输速度，比如设置为 200M 则表示最大传输速度为 200m/s

三、软件运行命令

# 下载NR数据库
nohup ascp  -k 1 -QT -l 200m \
-i ~/miniconda3/envs/lncRNA/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nr.gz ./  &

命令参数解读：

-k 1 # 表示断点续传 

-l 200M # 表示宽带限速200M，可提高下载速度

-QT #建议添加，否则可能报错

-i ~/miniconda3/envs/lncRNA/etc/asperaweb_id_dsa.openssh # 表示密钥文件路径 

anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nr.gz # 表示下载路径

./ # 输出目录

# 批量下载SRA数据
cat fq.txt |while read id
do
ascp -QT -l 300m -P33001  \
-i ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh   \
era-fasp@$id  .
done
# nohup bash step1-aspera.sh 1>step1-aspera.log 2>&1 &

本文参与腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。

原始发表：2021-06-09，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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