lncRNA组装流程的软件介绍之CPC2

生信技能树

发布于 2021-07-06 15:08:20

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咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！

下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程

一、软件原理

CPC2为CPC 的升级版，发布于2017 年，是目前最新的lncRNA 鉴定工具，也代表着lncRNA 鉴定的最新研究进展。在经过大量的特征选择后，CPC2 最终的特征主要包括四条：最长ORF 长度，ORF 的完整性，Fickett 分数以及等电点 (isoelectric point, pI)[39,40]。其中等电点特征主要是通过将最长ORF 翻译为氨基酸序列，而后根据氨基酸等电点这一理化性质计算而得。与大多lncRNA 鉴定工具相同，CPC2 也使用了支持向量机来构建分类器。

二、软件使用

该软件既可以在本地运行，也提供了在线版本。

1. 在线版本

在线版本的网址如下

http://cpc2.gao-lab.org/

可以直接输入fasta格式的序列

2. 本地版本

安装

# 创建python2环境
conda create -n py2test python=2.7

# 安装biopython
conda install biopython=1.70

# 安装CPC2
wget https://github.com/biocoder/CPC2/archive/refs/heads/master.zip

unzip master.zip

cd ~/CPC2-master/libs/libsvm/libsvm-3.18

make clean && make

运行

nohup python CPC2.py -i ~/lncRNA_project/07.identification/step2/filter2_transcript_exon.fa -o ~/lncRNA_project/07.identification/step3/CPC2/CPC2_result.txt > cpc2.log 2>&1 &

参数解读：

-i # 参数指定输出的fasta格式的转录本序列
-o # 参数指定输出结果的名称

三、输出结果解读

根据label区分ncRNA和protein coding

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原始发表：2021-06-13，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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