你还认为普通转录组测序没有用吗?
最近看到群里有小伙伴在讨论一个数据集 GSE140275 ,我发现它这个简单转录组测序数据发两篇sci,是关于 acute ischemic stroke 这个疾病 , 急性缺血性脑卒中 ,我了解不多,就不过多班门弄斧的介绍它了。。。
更想介绍的是这个超级经济实惠的课题设计思路,先看看一个在GEO的数据集,链接是:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE140275
真的是就6个简单的转录组测序样品:
GSM4158685 ctr_1
GSM4158686 ctr_2
GSM4158687 ctr_3
GSM4158688 stroke_1
GSM4158689 stroke_2
GSM4158690 stroke_3
普通的转录组测序大家应该是都不陌生了,而且我们有围绕它的一系列产品:
这样的6个样品已经是不到五千块钱,上下游分析合起来就1600,也就是说不到一万块钱你也可以有自己的两篇sci啦。
我看到了这个数据集关联了两篇sci文章,如下所示:
作者也提供了自己的定量结果:
Supplementary file Size Download File type/resource
GSE140275_Annotated_lncRNA_FPKM.txt.gz 104.7 Kb (ftp)(http) TXT
GSE140275_Novel_lncRNA_FPKM.txt.gz 114.3 Kb (ftp)(http) TXT
GSE140275_TUCP_FPKM.txt.gz 171.2 Kb (ftp)(http) TXT
GSE140275_Transcript_FPKM.txt.gz 2.1 Mb (ftp)(http) TXT
GSE140275_mRNA_FPKM.txt.gz 2.1 Mb (ftp)(http) TXT
疾病组和健康人对照组比较,做一个简单的差异分析;
所以是一个热图一个火山图啦:
差异分析相信大家都不陌生了,基本上看我六年前的表达芯片的公共数据库挖掘系列推文即可;
超级弱的结果:ROC curve analysis showed that the area under the ROC curve (AUC) values of lncRNA-C14orf64 and lncRNA-AC136007.2 between AIS and healthy controls were 0.74 and 0.94, respectively.
使用了CIRI2 and Find_circ 两个软件去寻找 circRNAs ,如下所示的结果:
主要是针对 差异的 circRNAs 的host基因进行功能注释,和各种调控关系的数据库查询而已,既然是差异分析,同样的火山图和热图而已!
关于CIRI2 and Find_circ 两个软件去寻找 circRNAs,这一点由我们的生信菜鸟团专栏周四作者(大吉/大力土豆)帮我补充。而且在他的影响下,我也系统性的总结了circRNA的相关背景知识:
不过,我毕竟是没有真正拿到过circRNA项目,我的总结,更像是纸上谈兵,仍然是推荐大家用心看完我们的生信菜鸟团专栏周四作者(大吉/大力土豆)的一年的总结。