跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色

用户7010445

发布于 2021-07-12 15:42:17

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发布于 2021-07-12 15:42:17

今天推文重复的图来自于论文 Whole-genome resequencing of 445 Lactuca accessions reveals the domestication history of cultivated lettuce

image.png

今天试着重复的图片对应着的是论文中的Figure1d

image.png

参考链接

https://guangchuangyu.github.io/2016/12/edge-coloring-with-user-data/
https://yulab-smu.top/treedata-book/chapter4.html

树文件对应的是论文中的source data fig1

这个树文件是excel存储，我们需要将其复制到文本文件中

分组文件对应的是source data fig1中的第五个excel表格

读取树文件

library(ggtree)
library(treeio)
tree<-read.newick("NG/tree-fig-d.txt")

读取分组文件

group_info<-read.csv("NG/label_group.txt",header=T,sep="\t")

表示分组的文件需要有一列的名称是label

colnames(group_info)<-c("label","Origin","Species")

将分组信息和树文件合并

tree1<-full_join(tree,group_info,by="label")

对进化树进行可视化展示

ggtree(tree1,aes(color=Species))

image.png

去掉枝长，开口朝下

ggtree(tree1,aes(color=Species),branch.length = "none")+
  layout_dendrogram()+
  theme(legend.position = "top")

image.png

自定义颜色

ggtree(tree1,aes(color=Species),branch.length = "none")+
  layout_dendrogram()+
  theme(legend.position = "top")+
  scale_color_manual(values = c("#4daf4a","#fdbf6f","#4dbbd5",
                                "#984ea3","#cc79a7","#3c5488",
                                "#8491b4","#91d1c2","#7e6148",
                                "black"))

image.png

这里遇到一个问题是自定义颜色之后有的枝就没有了

这里暂时没有想明白如何给NA映射颜色，我这里采用的办法是把NA替换成其他字符，比如我这里替换成WW

tree1@data$Species<-c(tree1@data$Species[1:440],
                      rep("WW",439))
ggtree(tree1,aes(color=Species),branch.length = "none")+
  layout_dendrogram()+
  theme(legend.position = "top")+
  scale_color_manual(values = c("#4daf4a","#fdbf6f","#4dbbd5",
                                "#984ea3","#cc79a7","#3c5488",
                                "#8491b4","#91d1c2","#7e6148",
                                "black"))