seqkit：fasta/fastq序列统计小工具

帮助文档

https://bioinf.shenwei.me/seqkit/

安装我直接使用conda安装了

conda install seqkit

统计fastq文件的信息

seqkit stats SRR6236885.sra.fastq -a

选取部分fastq

按比例

seqkit sample SRR6236885.sra.fastq -p 0.01 -o sample.fastq

按数量

seqkit sample SRR6236885.sra.fastq -n 100 -o sample-1.fastq

但是这里不是精确的输入你自己指定的数字，这个帮助文档也提到了

image.png

image.png

不去看具体原因了先

fastq 转换fasta

seqkit fq2fa sample-1.fastq -o sample-1.fasta

根据id 提取序列 fasta

fastq好像也可以

seqkit grep sample-1.fasta -f id.list

id只是一部分好像也可以

比如我这里fasta文件 的完整id是 SRR6236885.sra.9047 3a19e708-9d65-4f29-a332-d2e9a2b39234_Basecall_Alignment length=2375

id.list文件里的id是SRR6236885.sra.9047

这样也可以的

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