R语言ggplot2科研数据作图配色的一些小技巧

用户7010445

发布于 2021-07-12 15:48:16

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发布于 2021-07-12 15:48:16

文章被收录于专栏：小明的数据分析笔记本

本篇推文来自于公众号读者的投稿

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以下是正文内容

大家好，在这里给大家介绍一下使用ggplot2绘图调色的几种小方法。正所谓绘图十分钟，调色一小时。图片的配色直接决定了图片质量的好坏。下面讲一下我平时绘图用到的调色工具。

首先是创建一份数据集

data <- data.frame(
  name=letters[1:9],
  value=sample(seq(10,20),9))
data

使用ggplot2默认的配色做一个简单的柱形图

library(ggplot2)
ggplot(data=data,aes(name,value,fill=name))+
  geom_bar(stat = "identity")

image.png

配色小技巧之一：RColorBrewer 包

RColorBrewer 包是一个专门调色的包，包含三种类型的配色：

1、sequential
2、qualitative
3、diverging

（小明评论：这三个类型的配色我的理解是 1 sequential 如果你的数据是1,2,3,4，这种有大小，配色可以选择这种类型，数值比较小，颜色会比较浅，数值比较大，颜色会比较深；2 qualitative 定性的适用于分类变量，就是数据是 A B C D这种，没有大小，只是类别不一样；3 diverging 这个暂时不理解是什么意思）

先把调色板调出来看一下

library(RColorBrewer)
help(package="RColorBrewer")
display.brewer.all()

image.png

1 对应的应该是sequential 2 对应的是 qualitative 3 对应的是diverging

生成颜色值我们需要使用brewer.pal()函数，这个函数又两个参数，第一个参数是调色板左侧的名字，第二个位置是生成几个颜色

比如做柱形图，我们选择分类的颜色

colors<-brewer.pal(name="Set3",9)
colors

这样就生成了9个颜色，接下来用这个颜色填充柱形图

ggplot(data=data,aes(name,value,fill=name))+
  geom_bar(stat = "identity")+
  scale_fill_manual(values = colors)+
  theme_bw()

image.png

配色小技巧之二：colorbrewer2

这是一个在线配色网站 https://colorbrewer2.org/ 超赞！网站的画风是这样的。

image.png

与RColorBrewer 包一样也是分为sequential，qualitative，diverging三个部分。点击它们会出现不同的颜色分类。这次咱们试一试渐变色。

ggplot(data=data,aes(name,value,fill=name))+
  geom_bar(stat = "identity")+
  theme_bw()+
  scale_fill_manual(values = c("#f7fcfd","#e5f5f9",
                               "#ccece6","#99d8c9",
                               "#66c2a4",
                               "#41ae76","#238b45","#006d2c","#00441b"))

image.png

友情提示：使用这个在线配色网站需要科学上网

配色小技巧之三：R语言包 RImagePalette

“我于人间全无敌，不与天战与谁战”——柳白

image.png

很喜欢这张柳白大战昊天的照片，喜欢柳白一往无前的大河剑气（视频截图，原视频颜色看起来很纯净），现在我想把剑气的颜色放到我的绘图中，该怎么办呢？

RImagePalette完美解决了这个问题

首先是安装R包

install.packages("RImagePalette")

读取图片

library("RImagePalette")
myfigure <- jpeg::readJPEG(file.choose()) #选择你想上传的图片
display_image(myfigure)

image.png

这样，就把照片导入Rstudio了，下面把图片中的颜色提取出来。

颜色提取

mycolors <- image_palette(myfigure, n=30)
scales::show_col(mycolors)

image.png

颜色提取完了，不过我最想要的白色没提取成功，可能和图片太糊有关。图片里的颜色不能直接复制，我就不试效果了。大家如果知道怎么把这些颜色的代码导出来可以在评论区里说一下，谢谢。

（这里mycolors直接就是包含颜色值的向量）

配色小技巧之四：R语言包 ggsci——一剑破万法！

ggsci我最喜欢的调色R包了，里面包含nature，science，柳叶刀等知名杂志的调色风格。前面介绍的三种方法还是需要我们自己去挑选颜色，去配色。有时候感觉自己配出的颜色还是不好看，ggsci包的出现完美解决了这个问题，与ggplot2包联用可以绘制各式符合杂志要求的配色方案，我最喜欢包里面Nature风格的配色。现在试试Nature期刊的颜色风格。

首先是Nature的配色

library(ggsci)
ggplot(data=data,aes(name,value,fill=name))+
  geom_bar(stat = "identity")+
  scale_fill_npg()

image.png

再来试试science

ggplot(data=data,aes(name,value,fill=name))+
  geom_bar(stat = "identity")+
  scale_fill_aaas()

image.png

image.png

好的，今天的分享就到这里，感觉有用的话，各位老铁点个赞吧！

备注

小技巧三来自最近刚看到的公众号文章：“R语言作图中的“吸星大法”：捕捉图片上的颜色为我所用！公众号：R语言和统计，作者小善。
ggsci配色方案表引用自“教你用科学杂志喜欢的配色作图——R包ggsci”作者：stanford_strive。文章链接：https://www.jianshu.com/p/71fc7e2561c4

排版编辑：小明