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ORCA 5.0安装及运行

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用户7592569
发布2021-07-16 17:09:40
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发布2021-07-16 17:09:40
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文章被收录于专栏:量子化学量子化学

ORCA官方于2021年7月1日发布了5.0版本,前期从ORCA论坛上来看,有不少同行都非常期待。除了昨天的线上发布会,今天还会有一个线上的论坛,感兴趣的朋友可以去官方论坛查看相关帖子:

https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php

虽然网络上其他地方已经有了ORCA 5.0的下载,ORCA本身也对学术用户免费,但官方还是希望用户能从论坛上下载,以便他们对用户数量有所掌握。笔者已经尝试了,下载速度还是不错的,就不多此一举提供网盘下载链接了。官方的在线手册链接:

https://www.orcasoftware.de/tutorials_orca/

后期,我们也将比较多地推出ORCA的教程,有需要的朋友可以留言想要的功能,我们尽快安排。

安装步骤

ORCA由于只提供二进制文件,因此安装非常方便,笔者下载的是orca_5_0_0_linux_x86-64_shared_openmpi411.tar.xz,体积较小,但需要额外安装OpenMPI 4.1.1并行环境。笔者假定下载并安装到/opt目录。

解压:

代码语言:javascript
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tar -Jxvf orca_5_0_0_linux_x86-64_shared_openmpi411.tar.xz

得到文件夹orca_5_0_0_linux_x86-64_shared_openmpi411,名字太长,可重命名为ORCA-5.0:

代码语言:javascript
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mv orca_5_0_0_linux_x86-64_shared_openmpi411 ORCA-5.0

在ORCA-5.0目录中包含了运行ORCA所需要的库和可执行文件。在~/.bashrc中添加环境变量:

代码语言:javascript
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export PATH=/opt/ORCA-5.0:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/ORCA-5.0

最后source ~/.bashrc

至此,安装完成,已经可以运行单核版本。例如,水分子的DLPNO-CCSD(T)计算:

代码语言:javascript
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%maxcore 6000
!DLPNO-CCSD(T) cc-pVTZ cc-pVTZ/C
* xyz 0 1
O         -3.56626        1.77639        0.00000
H         -2.59626        1.77639        0.00000
H         -3.88959        1.36040       -0.81444
*

运行命令:

orca H2O.inp > H2O.out &

ORCA的并行依赖于OpenMPI,ORCA 5.0本需要使用OpenMPI的4.1.1版本。在OpenMPI官网下载4.1.1版本的源文件:openmpi-4.1.1.tar.gz,安装过程比较简单:

代码语言:javascript
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tar -zxvf openmpi-4.1.1.tar.gz  #解压
cd openmpi-4.1.1
./configure --prefix=/opt/openmpi-4.1.1 FC=ifort CC=icc CXX=icpc #此处可设置安装位置以及Fortran、C和C++的编译器
make -j6  #使用6核编译
make install

安装完成后,添加环境变量:

代码语言:javascript
复制
export PATH=/opt/openmpi-4.1.1/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/openmpi-4.1.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH

最后source ~/.bashrc

修改上述输入文件为:

代码语言:javascript
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%pal nprocs 10 end
%maxcore  6000
!DLPNO-CCSD(T) cc-pVTZ cc-pVTZ/C
* xyz 0 1
O         -3.56626        1.77639        0.00000
H         -2.59626        1.77639        0.00000
H         -3.88959        1.36040       -0.81444
*

运行并行版本时需要指定orca的全路径,为避免麻烦,可以设置一个alias:

代码语言:javascript
复制
alias orca='/opt/ORCA-5.0/orca'

这样运行命令就和串行相同:

orca H2O.inp > H2O.out &

ORCA 5.0相对4.2.1版本是一个大的升级,更多功能留待大家去探索。

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原始发表:2021-07-02,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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