如何在cytoscape网络节点当中添加分布信息

从很早之前就想要更新一个关于cytoscape使用的教程。一直都没有来得及更新。以下是一个之前使用cytoscape过程当中的一个笔记。类似于稍微应用性的教程吧。目的是来展示，网络当中每个节点具体分布的情况。如果有相同需求的，可以学习一下哈。

数据准备

cytoscpe图形可视化需要准备的数据包括两个：

1. 显示网络数据的文件，其中包括不同node之前的相互作用关系。例如从string数据库中导出的tsv文件。或者自己形成一个一一对应关系的文件即可。

2. 每个node的注释文件：这个文件有一个包含所有node的的列，其余的是对于每个node的注释。例如在每个分组当中的值

数据导入

我们通过file - import导入数据：其中netword from file导入网络文件。table from file导入注释文件

图形调整

1. Layout调整：导入后的数据是这样的

我们通过调整layout以及简单的style可以可以调整为：

2. 添加注释图形：cytoscape里面我们一般来设置每个node的颜色可以在Fill color以及Border Paint里面来设置填充色以及边框颜色。但是cytoscape里面还有一个image/Chart的选项可以让我们来加入图片和简单的统计图形。如果我们需要显示同种颜色可以使用这个选项里面的扇形图

我们点击image/Chart。可以看到。这里设立选择图片或者的图标。

如果我们选择其中一个图片，我们的node里面就会显示这个图片的内容。例如：

同时我们也可以在open image manager里面来添加自己想要的图形。

如果我们选择Charts就可以加载简单的数据图形。这里可以选择的包括：柱状图；箱式图；热图；线图；饼图以及环图。我们在选择pie同时把想要进行可视化的数据放到右边边框。

点击Apply即可看到这个对于不同分组占比的可视化了。

如果对图形感觉颜色不满意，我们可以在Options对颜色以及不同分组之间的边框进行调整

3. 显示多个图形；假如我有多个不同分组的数据想要可视化，怎么添加更多类型的图形呢？

在自定义调整当中，系统默认显示的是常用的几个选项。我们可以点击Properties-Paint就会发现可以添加最多9种自定义图形。同时默认的图形都是在node的中间。所以系统也会提供自定义图形摆放的位置。

例如：我用上面的数据再做个一个简单的柱状图然后放到node的右边。

4. 进一步优化：如果细心观察每个node都在添加图形之后，虽然掩盖了node的颜色，但是会有一部分没有掩盖好，这个自己看会影响美观的。

如果要去掉的话，试过把fill color调整为白色，但是发现也很突兀。

想了想最后把Transparency透明度0.感觉好了一点。别的实在没有想到别的办法。