为什么PERMANOVA和ANOSIM结果不同？

今天微信群里讨论相关问题，有同学发出来一个讨论：

https://www.researchgate.net/post/Why_do_I_obtain_different_results_using_PERMANOVA_or_ANOSIM

这里简单整理。

PERMANOVA（即adonis）和ANOSIM本身分析的东西不一样，得到结果不同也很正常。

如果考察的因子影响很强，通常会得到相似的结果。如果因子影响很弱，那么结果可能产生差别。因此，结果不同可能表明因素的影响可能不是真的，或者效应很弱。

另外还需要查看对应方法的统计量，即PERMANOVA的F值和ANOSIM的R值。如果很低，即使两种方法的P值都显著，也只能说明效应不为真或很弱。

R值相对不受检验数量的影响(除非检验数量很少，如即几十个)。

P值对置换检验的次数很敏感。可增加置换检验次数查看对结果的影响，通常显著的P值会随着检验数量的增加而减少。

个人主观经验，F值为10都是比较低的。强F值可以达到20，50甚至100。如果PCoA结果分得很开，一般PERMANOVA也能检验出来。

如果多因子间存在交互效应，结果也会不同。PERMANOVA可直接处理交互效应，而ANOSIM不能。

最后，样本的类型，重复的个数也会造成影响。