UCSCXenaShiny 正式见刊发表！

UCSCXenaShiny 是我 19 年通过 Openbiox 发起的项目（地址：https://github.com/openbiox/UCSCXenaShiny），用于下载和可视化分析著名癌症数据库 UCSC Xena https://xenabrowser.net/datapages/。目前已经有上万次的下载安装，统计有超过4万行代码。

它既是一个 R 包，也是一个 Shiny 应用。我们以 Shiny 应用为主，这样可以将分析功能提供给无任何编程经验的用户。就在这两天，该工具已经通过生信专业期刊Bioinformatics的评审，正式见刊发表！?欢迎大家使用和引用起来。

在线使用

我们借助Hiplot平台发布了Shiny插件，大家无需安装，打开浏览器，输入https://shiny.hiplot.com.cn/ucsc-xena-shiny/即可使用。需要注意的是，平台为了安稳运维，版本可能会有延后。

安装和使用

我们可以通过非常多的方式下载和安装到本地或者自己的服务器上，这样个人或者研究组都能够本地部署Shiny用起来，也可以通过包提供的函数接口进行编程使用。

方式1：使用docker。后续关闭和再启动阅读GitHub说明。

docker run -d --name xenashiny -p 3838:3838 shixiangwang/ucscxenashiny

方式2：使用conda。目前UCSCXenaShiny（包括它的一些依赖ezcox,UCSCXenaTools）已经提交到conda-forge通道。

conda install -c conda-forge r-ucscxenashiny

方式3：从CRAN/GitHub/Gitee上下载安装。

install.packages("UCSCXenaShiny")

# 国内
remotes::install_git("https://gitee.com/XenaShiny/UCSCXenaShiny")
# 国外
remotes::install_github("openbiox/UCSCXenaShiny")

方式2、3下载安装后需要在R里面加载和启动Shiny：

library(UCSCXenaShiny)
app_run()

启动过程也会下载安装很多依赖包，请耐心等待，如果网络不好请切换 CRAN 镜像。

重要功能预览

数据集筛选与下载

通用分析

该功能支持 UCSC Xena 任意符合分析要求的数据集！目前有 4 个模块，分别用于 2 变量相关、多变量相关、分组比较和生存分析。支持用户上传同样格式的数据进行分析！

诸多泛癌分析功能模块

下面是一些截图：

大部分下载和分析数据的功能都可以在R里面通过函数调用

不会使用，还有视频：https://space.bilibili.com/11553374/channel/detail?cid=180988&ctype=0

如果有任何的问题，请在 GitHub issue 中 https://github.com/openbiox/UCSCXenaShiny/issues 进行反馈。