7.25-7.31 交流群问题汇总第6期

本系列为交流群一周问题汇总。目前群人数比较多，如果你想加群，加我微信回复进群，我拉你进来。

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关键词：

Cytoscape；网络方法原理；文献翻译软件；总rna提取；Silva；ggplot2习惯；α多样性；bin；宏基因组入门；下载文献；语法修改；NMDS的stress；beta多样性分析搭配；植物引物；宏基因组去冗余

1.Cytoscape做网络最少样本量

6-8个。

2.网络方法原理

见我之前文章：

微生物网络构建原理: SparCC, MENA, LSA, CoNet

3.文献翻译软件推荐

知云，彩云小译，有道，DeepL等

网页版我用过Geenmedical:

https://www.geenmedical.com/

上传PDF直接全文翻译，但是遇到图表会错位。

4. 样品含有高浓度的二氧化锰，每次提出来的rna 的rin值都很低，有什么kit可用？

trizol或诺唯赞可以试试。

5. Silva138版本数据库存在同时注释为很多属的情况，该如何讨论

最简单的方法就是用前几个版本的Silva，不会有多个属的问题。

换RDP方法进行注释，本质上还是换参考数据库。

Greengene数据库太老了，最好还是不要用。

6. ggplot2习惯

经验总结 | R语言报错的系统化处理方案

https://mp.weixin.qq.com/s/M-Y1Ge70JtYi9-iTzRPLkw

把aes放在后面绘制图层里，比如画一个散点图：

普通写法：ggplot2(data = dt, aes(x = x, y = y)) + geom_point()

清晰写法: ggplot2(data = dt) + geom_point(aes(x = x, y = y))

类推，一张图上如果画多个图层(点，线，柱子)，分别对应不同的数据，这样就好控制了。

7. α多样性的shannon和richness，哪个更强调稀有种

richness不考虑丰度，shannon考虑丰度，等于对优势种加高权重。

8. bin之前得到的contigs 去冗余吗

根据计算时间选择，可去可不去。去掉速度更快。

9. 宏基因组入门

可看这篇文章：

Sunbeam: an extensible pipeline for analyzing metagenomic sequencing experiments

和这本书：

Statistical analysis of microbiome data with R

10. 如何下载最新文献

有大神群友弄了一个飞鸟学术

11. 修改语法

https://www.wordtune.com/#rewrite-demo 280个单词以内免费，反复用

https://quillbot.com/

之前写过：

磕盐千面07-如何让人愉悦且尽力的帮你改文章？

12. NMDS的stress多少比较好

小于0.2或0.1。

13. beta多样性分析搭配

我看到过这种说法：

qiime2默认的也是pcoa+permanova。

这里有一个讨论：

https://www.researchgate.net/post/Why_do_I_obtain_different_results_using_PERMANOVA_or_ANOSIM

我已经翻译成了公众号：

为什么PERMANOVA和ANOSIM结果不同？

14. 植物16S选哪个区

内生可用v5-v7。

如果还要测微生物，可保持一致。

15. 宏基因组预测基因去冗余一般阈值都设多少

一个经验：序列相似性0.95，覆盖度0.9。

没有统一标准，也可以不去。