本系列为交流群一周问题汇总。目前群人数比较多,如果你想加群,加我微信回复进群,我拉你进来。
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关键词:
Cytoscape;网络方法原理;文献翻译软件;总rna提取;Silva;ggplot2习惯;α多样性;bin;宏基因组入门;下载文献;语法修改;NMDS的stress;beta多样性分析搭配;植物引物;宏基因组去冗余
6-8个。
见我之前文章:
微生物网络构建原理: SparCC, MENA, LSA, CoNet
知云,彩云小译,有道,DeepL等
网页版我用过Geenmedical:
https://www.geenmedical.com/
上传PDF直接全文翻译,但是遇到图表会错位。
trizol或诺唯赞可以试试。
最简单的方法就是用前几个版本的Silva,不会有多个属的问题。
换RDP方法进行注释,本质上还是换参考数据库。
Greengene数据库太老了,最好还是不要用。
经验总结 | R语言报错的系统化处理方案
https://mp.weixin.qq.com/s/M-Y1Ge70JtYi9-iTzRPLkw
把aes放在后面绘制图层里,比如画一个散点图:
普通写法:ggplot2(data = dt, aes(x = x, y = y)) + geom_point()
清晰写法: ggplot2(data = dt) + geom_point(aes(x = x, y = y))
类推,一张图上如果画多个图层(点,线,柱子),分别对应不同的数据,这样就好控制了。
richness不考虑丰度,shannon考虑丰度,等于对优势种加高权重。
根据计算时间选择,可去可不去。去掉速度更快。
可看这篇文章:
Sunbeam: an extensible pipeline for analyzing metagenomic sequencing experiments
和这本书:
Statistical analysis of microbiome data with R
有大神群友弄了一个飞鸟学术
https://www.wordtune.com/#rewrite-demo 280个单词以内免费,反复用
https://quillbot.com/
之前写过:
小于0.2或0.1。
我看到过这种说法:
qiime2默认的也是pcoa+permanova。
这里有一个讨论:
https://www.researchgate.net/post/Why_do_I_obtain_different_results_using_PERMANOVA_or_ANOSIM
我已经翻译成了公众号:
内生可用v5-v7。
如果还要测微生物,可保持一致。
一个经验:序列相似性0.95,覆盖度0.9。
没有统一标准,也可以不去。