bioconvert：各种各样的生物信息数据格式转换工具

今天找计算测序覆盖度的时候发现了这个工具，github 主页是https://github.com/bioconvert/bioconvert；帮助文档的链接是 https://bioconvert.readthedocs.io/en/master/

关于各种各样的文件格式 可以参考下图

image.png

看帮助文档的时候还发现他可以直接下载测序数据

下面我们尝试一下

内容主要来自 https://bioconvert.readthedocs.io/en/master/tutorial.html

首先是安装

使用conda 先新建一个虚拟环境

conda create -n bioconvert

启动环境conda activate bioconvert

安装

conda install python==3.6

pip install bioconvert

这里遇到了报错，忘记截图了，我是把pandas安装了一下conda install pandas

然后运行pip命令

pip install bioconvert==0.4.3 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

这边应该是安装成功了

查看帮助文档bioconvert --help

报错

查了一下是python版本需要大于3.6，我刚好安装的是3.6 重新安装一下python

将整个虚拟环境删除然后重新安装

conda remove -n bioconvert --all

重新安装

conda create -n bioconvert python=3.7
conda activate bioconvert
pip install pandas -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
pip install bioconvert==0.4.3 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

这下没有报错，但是遇到了很多警告信息，暂时不管了

试一下，NCBI下载了一个genbank文件，线板fasta格式的序列提取出来 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/FN433596

bioconvert genbank2fasta staphylococcus_aureus.gb

使用命令的时候会跳出来很多警告信息

接下来又尝试了 from sources 的安装方法

image.png

这套命令运行下来 依然有一个警告信息，但是比之前少了很多

image.png

帮助文档里还提到了使用conda直接安装，但是我这边就一直没有成功，暂时不知道什么原因

最后再试一下gb文件中提取fasta文件

bioconvert genbank2fasta sequence.gb output.fasta

image.png

这次成功了 输出的 HHH 是哈哈哈哈的意思吗 哈哈哈哈

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