跟着Gut学画图：R语言ggtree包画弦图的简单小例子

用户7010445

发布于 2021-08-31 17:46:11

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发布于 2021-08-31 17:46:11

今天的推文内容是模仿论文 Aberrant gut microbiota alters host metabolome and impacts renal failure in humans and rodents 中的Figure3A

image.png

image.png

R语言里circlize这个包应该可以实现，最近在学习ggtreeExtra，对应的论文里有一个图

image.png

最内圈基本是一样的，实现这个内圈的函数是ggtree包的geom_taxalink()函数，这里我用4.0.3版本的R和2.4.1版本的ggtree会遇到报错 Error in numnotnull("fontsize") : object '.pt' not found,暂时不知道是什么原因，我安装了4.1.0版本的R和3.0.2版本的ggtree就没有这个报错

下面介绍代码

首先是自己准备一个newick格式的树文件

image.png

同一个组的数据用括号括起来，中间逗号分隔，不同组之间用逗号分隔，最后一个括号将所有内容括到一起，最后是一个分号

画一个树形图展示一下

library(ggtree)
library(treeio)

tree<-read.tree("example.txt")

ggtree(tree,layout = "circular")+
  geom_tiplab()

image.png

接下来是一个分组文件用来给tip映射颜色

image.png

代码

df1<-read.delim("tip_group.txt")
head(df1)

tree<-full_join(tree,df1,by="label")

col<-c("#f04334","#99ca67","#994da5")

ggtree(tree,layout = "circular")+
  geom_tiplab(aes(color=group))+
  scale_color_manual(values = col )

image.png

接下来是连线的数据

image.png

代码

ggtree(tree,layout = "inward_circular",
       xlim = c(40,NA),
       alpha=0)+
  geom_tiplab(aes(color=group),show.legend=F)+
  scale_color_manual(values = col )+
  ggnewscale::new_scale_color()+
  geom_taxalink(data=df2,
                mapping=aes(taxa1=taxa1,
                            taxa2=taxa2,
                            color=group1),
                hratio=3)+
  scale_color_manual(values = c("#2398c5","#febf68"))

最终结果

image.png

这里还用到了ggnewscale这个包，如果是第一次使用需要安装

示例数据和代码放到了今天 次条推文的留言区 次条推文是一个广告

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原始发表：2021-08-07，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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