LeDock的安装与使用
原创
参考微信公众号：MoleDesign药物设计
http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=1227#lastpost(ledock论坛)
1,下载安装文件
#下载LeDock
wget http://www.lephar.com/download/ledock_linux_x86#下载LePro（用于准备蛋白，除去配体和水分子）
wget http://www.lephar.com/download/lepro_linux_x86#下载LeWater（显水对接更精确）
wget http://www.lephar.com/download/lewater_linux_x86#下载LeFrag（将配体拆分成单独的mol2文件，用于对接）
wget http://www.lephar.com/download/lefrag_linux_x862,这些文件是二进制文件，放到对应的文件夹
sudo mv ledock_linux_x86 /usr/bin/ledocksudo chmod +x /usr/bin/ledock（注意，我这里需要使用sudo命令，且ledock_linux_x86改为ledock，与下方不同）sudo mv lepro_linux_x86 /usr/bin/lepro
chmod +x /usr/bin/lepro_linux_x86（这里名称不一样，但无需sudo命令）
sudo mv lepro_linux_x86 /usr/bin/lewater
chmod +x /usr/bin/lewater_linux_x86（这里名称不一样，但无需sudo命令）
sudo mv lefrag_linux_x86 /usr/bin/lefrag
chmod +x /usr/bin/lefrag_linux_x86（这里名称不一样，也无需sudo命令）直接在命令行输入$ledock /lepro /lefrag /water查看是否安装成功
3，实例
0,新建文件夹，cd到此目录
1,从PDB下载蛋白
wget http://www.pdb.org/pdb/files/1h9z.pdb（1h9z.pdb）2,用lepro处理蛋白质
$lepro 1h9z.pdb（处理：去掉杂原子和加氢，完成后会得到pro.pdb和dock.in配置文件，Receptor就是pro.pdb，RMSD下的1.0是为了防止生成的构象冗余（确保产生的构象多样性）进行聚类的阈值，Bindingpocket下面的三行是对盒子的描述，我们接下来会介绍如何确定盒子的大小；Numberof binding poses下的20是产生的构象数目，这里我们改为30，以便产生更多的构象来比较；Ligand list下的ligands是含有配体的一个文本文件）
3,得到对接盒子的坐标
使用pymol自带的插件getbox来进行
fetch 1h9z
cmd.remove('solvent') #移除溶剂
cmd.select('sele', 'resn RWF') #选中复合物中的小分子配体
cmd.show('sticks', 'sele') #用sticks方式展示小分子
getbox (sele), 5 #以配体为中心生成盒子，extending设置成5埃结果会得到binding pocket的坐标（与vina相比，为center+/-max）
4,处理小分子
从ZINC15获得小分子，这里是一个叫“OKANIN”的化合物，在“substances”下搜索，下载为substances.mol2（因为就一个化合物，可以直接将化合物的名字粘贴到ligands.list中）
用lefrag处理小分子
lefrag -spli substances.mol2 #将文件进行分割
ls *.mol2 > ligands.list #生成ligands文件5,对接
ledock dock.in （处理蛋白时生成，需要自己修改具体的名称和参数，这个有很多小分子，CUP占用率25%）
ledock -spli substances.dok（将dock后的文件分开为单独的**.pdb格式，便于查看结构;substances为配体名称，根据实际情况自己修改，有H键直接会显示出来。）6,Pymol查看结果
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
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