如何在Linux无root权限时优雅安装使用R：通过Anaconda虚拟环境安装并在Jupyter Lab运行

实验盒

发布于 2021-09-22 12:12:22

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发布于 2021-09-22 12:12:22

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前言

一般情况下，最新版R的安装非常容易。但如果是在linux服务器上，而又恰好没有root权限，安装就比较麻烦了。最直接粗暴的方法是自己在有读写权限的个人目录中编译安装，但操作很繁琐，需要解决非常多依赖库，整个过程几乎会让人爆炸。还好，有一种简便很多的方法，通过Anaconda的虚拟环境安装。

安装Anaconda

如果没有安装Anaconda，需要先下载安装：

wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda3-.-Linux-x86_64.sh

根据提示输入enter或yes进行操作。Anaconda默认安装在/home//anaconda3路径，如果需要修改，只需要在PREFIX中填入自己的路径。

安装完成后，修改配置文件：

# 根据自己情况打开bashrc或者.bash_profile文件
vi /etc/bashrc或vi ~/.bash_profile
# 加入：
export PATH=/home/<user>/anaconda3/bin:$PATH

完成后，添加一些源：

conda config --set show_channel_urls yes

# 添加官方的源
conda config --add channels conda-forge 
conda config --add channels r

# 添加国内源（根据地区选择清华或中科大的）
# 北方地区推荐清华的源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

# 南方地区推荐使用中科大的：
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

# 添加后，可以查看目前的conda软件源，检查是否添加成功
conda info

安装R

创建一个叫ry的虚拟环境，并安装R和一些常用的软件包：

conda create -n ry -c r r-essentials

创建成功后，激活虚拟环境，进入R：

source activate ry

此时就可以输入命令R，打开R。

如果要退出虚拟环境，则输入：

conda deactivate（推荐）或 source deactivate

常见问题

如果运行失败，提示缺少某个库，则需要通过conda install安装对应的库。比如提示缺libbz2.so，需要通过命令conda install --override-channels -c conda-forge bzip2安装bzip2。

如果在R中不能使用install.packages()功能，则要在虚拟环境中安装tcl：

conda install -c intel tcl

在Jupyter Lab中使用R

无论有没有进入虚拟环境，Jupyter Lab加载的是默认的环境和kernel。要切换不同的虚拟环境和kernel，需要安装nb_conda_kernels（无需进入虚拟环境）：

conda install -c conda-forge nb_conda_kernels

安装完成后，不需要在shell中进入虚拟环境，直接输入jupyter lab命令打开Jupyter Lab，就能在jupyter lab切换虚拟环境和内核，选择R就可以使用。

如果Jupyter lab加载R失败，需要返回shell中查看报错信息，安装缺失的东西。

比如，本人在加载R时，shell会报错Error: package ‘pbdZMQ’ was installed by an R version with different internals; it needs to be reinstalled for use with this R version，表明要重新安装pbdZMQ这一个R包。操作很简单，激活虚拟环境打开R后，使用install.packages安装即可：