8.22-8.28 交流群问题汇总第10期

1.计算beta多样性距离矩阵是用绝对丰度还是用相对丰度比较好

https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/phyloseq/inst/doc/phyloseq-FAQ.html

2. sloan模型

问：请教一个关于中性模型物种迁移率m值的问题。这篇文章说微塑料细菌群落的m值（0.015）远小于浮游微生物群落（0.936），这说明微塑料细菌群落具有较弱的扩散能力，微塑料颗粒相互分散，相较于连续性和均质性更好的水体来说群落更难扩散。在昨天群里讨论说m值越小，整个群落越受扩散限制。我理解的是m越小，受到扩散限制影响越大的话，随机性是不是说明应该更强呢？我研究的是不同温度下的群落构建过程，算出来的数据是低温30下m值较小（0.3-0.5），高于30度的话m值就较大（接近1，最大值1.051正常么？），这应该怎么样去联系温度和这个m值说明问题呢？按照推文我所理解的话，感觉有点矛盾。不太清楚是不是哪里理解出问题了。

https://mp.weixin.qq.com/s/DVH0oP8HUTAXmwO6shM7kw

答：m越小，扩散能力越弱。随机扩散效应带来的随机性越小，不是更强。m值我自己算也见过大于1的，我也不清楚这是咋回事。另外R2只是说明拟合中性模型的程度，越高拟合得越好。并不是随机性就会更强。

3. N循环数据库

https://github.com/qichao1984/NCyc

4. 谱系多样性

问：谱系多样性 往往同物种多样性一样，其增加被认为对于系统具有积极意义。以MPD为例，其数值升高意味着群落内物种进化关系的距离的增加，我理解为“亲缘关系降低”，而实际上亲缘关系相近因为生态位重叠往往导致竞争关系的发生，相比于合作关系，竞争关系更利于系统的稳健，这样看起来MPD指数的增加会弱化系统内的竞争关系比例而增加合作关系，这样会导致系统稳定性下降，但是这个结论与第一句话的结论是矛盾的。

不是单纯的增加合作关系当量，是提高系统关系中正向相关关系的比例，或者说降低了系统内竞争关系的比例，这个是导致系统稳定性下降的原因。

答：MPD算的是两两物种间的，不一定能代表整个群落水平的进化距离。可以算MNTD试试，或者直接算PD。

MPD算的是两两物种间的平均进化距离，MNTD是每个物种分别与整个群落中进化距离最小的值的平均。

在进化树外部随便加一个物种，MPD一定增加，MNTD不一定。

5. 某个变量线性回归如果不显著，多元线性回归是不是就没必要放这个变量了？

在医学领域经常会用单变量模型对每个变量算p值，然后设定一个p值的cut-off，通过cut-off的变量和矫正的协变量再一起放到多元模型当中。但是对于单变量模型p的cut-off的设置不一定非要是0.01或0.05，应该理解成是你想保留的变量数目的阈值，所以也可以设置成0.1这种很大的值。

6. 测序深度不同的两组微生物数据可以放到一张图上比较β多样性吗？

答1

1）β多样性受测序深度影响较小

2）也可以考虑抽平到同一个深度进新比较

答2

不抽平差异很大。我的理解是所有的微生物样本都需要这么做。参见：

Normalization and microbial differential abundance strategies depend upon data characteristics