Autodock vina 1.2.2的安装与使用

之前看到说有vina1.2需要编译安装，我嫌麻烦找到了别的方法，使用apt安装，但运行到两个ligand时发现无论如何也无法执行，查看版本才发现我安装的是旧旧版本，故在此记录下安装新版本的过程。

0，旧版本的安装与卸载

apt install autodock-vina #安装的是旧版本,vina --version： v1.1.2 2011年的产品

 apt remove autodock-vina  #卸载

安装新版本

备注：第4步参照vina的document文件，可以在conda环境下用pip安装（好像很简单）

1，首先需要编译boost库

参考https://www.jianshu.com/p/0634e610d519

https://zhuanlan.zhihu.com/p/405088682

1）首先需要安装boost库,从官网下载,已经有新的了,下载到硬盘后解压（我用的是自带的解压缩软件）

2）在解压后的文件夹里打开终端,运行命令

sudo ./bootstrap.sh --prefix=/usr/local  #--prefix指定存放路径,我这里只有一个，而且也不知道从哪里找

3）编译

sudo ./b2 install #编译并生成库文件,需要几分钟时间,库的生成路径:/usr/local/lib,头文件的路径:/usr/local/include/boost 

4）添加lib库自动搜索路径到 /etc/ld.so.conf，输入命令ldconfig使设置生效（我运行的时候也有一些警告信息）

sudo vim /etc/ld.so.conf

将"include /usr/local/bin"不包含引号，下同添加到末尾(i进入编辑模式,esc退出编辑模式,:wq保存并退出,还有更多vim命令,需者自行搜索),运行ldconfig命令使之生效。

2，安装vina

1）通过https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina/releases下载最新的源码（zip文件）并解压

2）解压后寻找文件夹 build/linux/release

3）用文本编辑器打开Makefile文件，第一行BASE的路径为“/usr/local”与安装boost的路径一致（如果第一步做了更改，此处做对应的修改）

4）直接执行make命令

5）编译完成后，文件夹内多出了很多二进制文件，将vina加到环境变量

vim ~/.bashrc  #我的文本编辑器是vim，有人需要用 “source”命令
export PATH=$PATH:/your/path/AutoDock-Vina-1.2.2/build/linux/release

重启终端,输入vina可查看所有命令，输入vina --version可查看安装版本。

3，安装其它软件

在vina的tutorial里，你需要安装ADFR套装，在linux下它有.app安装包，很容易，以后要用到里边的prepare_ligand.py和prepare_receptor.py两个python文件。

4，其它安装选项

tutorial里说可以用pip安装

命令如下：

$ conda create -n vina python=3 
$ conda activate vina 
$ conda config --env --add channels conda-forge
$ conda install numpy 
$ pip install vina
$ pip install -U numpy vina  #记住这一步即可，后续升级的时候要用到。