LigPlot的安装与使用

LigPlot是EMBL-EBI开发的软件，用于以2D方式展示分子对接结果，LIGPLOT，绘制蛋白质和小分子之间的相互作用；DIMPLOT，绘制蛋白之间的相互作用；Antibody plot，绘制抗原抗体之间的相互作用。其余软件还有PLIP和PoseViewer，我后续再补上。

1，使用edu邮箱申请（https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/applicence.html）

之后会收到下载所需的密码，点击邮件中的链接即可转到下载页面，下载为LigPlus.zip文件，先不着急解压。

2，安装软件所需Java环境。

在Oracle官网下载最新版本17并安装

3，安装LigPlot（与一般.exe安装不同，只是添加一个快捷方式）

1)，为了简便，LigPlus.zip直接解压到C:\根目录，这时C盘会多出一个文件夹LigPlus（若解压到其它目录会涉及管理员权限，在修改参数时也会比较麻烦）

2)，寻找LigPlus.jar文件，右击-》发送到桌面快捷方式-》在桌面快捷方式处右击-》常规，修改名称为LigPlus-》快捷方式，更改图标，选择LigPlus/lib/images/ligplus.ico》确定。

4，其它

若在其它文件夹安装，需要修改cLigPlus.bat文件，具体参考https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/install.html。

5，实例

有操作手册，点击桌面快捷方式可以直接打开，点击cligPlus.bat会存储运行信息，有利于debug。

1），第一次打开，需要配置路径和目录，我就点的默认，后续还可以在软件里添加（Edit->Program paths）。软件说明里着重强调了Temporary directory必需存在，且为可写入状态，否则软件会报错。路径中的'Het Group Dictionary‘需要经常更新（现在更名为Chemical Component Dictionary），如果你下载了RasMol或者PyMOL，也需要手动指定软件所在目录，以方便展示3D效果。

2），打开.pdb文件

File->open->1a95或者File->open->browse，选择本地文件；LigPlot里选择你的配体（如PCP），a，可以自定义residue range，选择是否包含水，Include waters，选择与水的作用方式Filter waters，包含两个H键或者作为ligand和receptor之间的连接（不包含只形成一个H键或者只与蛋白形成H键），点击run即可生成2D作用图片。

2D相互作用的展示，有图例的吧？

3），编辑图片

a，右下角可以选择移动’residues‘或者’atom‘，在atom模式下，有疏水作用的基团无法被移动。

选择编辑residue还是atom

b，与pymol的操作类似，按住鼠标左键可以拖动，按住滚轮或者右键可以放大/缩小

c，右键点击某个原子，会出现一个“旋转箭头”，左键点击可以自由旋转，点击空白处取消选择

黄色小箭头，可以自由旋转

d，右键点击单键会出现交叉的双向箭头，左键单击交叉的箭头两侧的原子，可以实现翻转，点击空白处取消选择。

可以旋转的单键

e，右键单击文本，可以编辑名称；如果需要添加文本，则点击On/off按钮，选择’Show blank labels as hyphens‘，这时就会显示‘———’占位符，右击后可修改。

修改文本

f，保存，输出即可。