【Nucleic Acids Research】四篇好文简读-专题3

一

论文题目：

The RNA binding protein Quaking represses splicing of the Fibronectin EDA exon and downregulates the interferon response

论文摘要：

Quaking (QKI) 在许多生物过程中控制 RNA 代谢，包括先天免疫，但其作用仍未完全了解。为了阐明这些作用，作者在使用或不使用 poly(I:C) 转染（一种模拟病毒感染的双链 RNA 类似物）的 QKI 敲除细胞中进行了基因组规模的转录组分析。RNA 测序数据分析表明，QKI 敲除可上调干扰素诱导的基因，表明 QKI 是一种免疫抑制因子。此外，差异剪接分析显示 QKI 主要控制盒式外显子，在这些事件中，作者注意到 QKI 沉默了纤连蛋白 (FN1) 转录物中额外域 A (EDA) 外显子的剪接。QKI 敲除导致 FN1-EDA 蛋白（一种已知的干扰素激活剂）的产生和分泌增加。与 QKI 敲除细胞中干扰素反应的上调一致，作者的结果显示这些细胞中登革病毒 2 和日本脑炎病毒的产生减少。最后，作者证明 QKI 下调干扰素系统并减弱抗病毒状态。

论文链接：

https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab732/6357085

二

论文题目：

NgAgo possesses guided DNA nicking activity 论文摘要：

原核Argonautes (pAgos)是一种灵活的基因编辑工具，因为它们不需要邻近其靶点的序列基序来实现功能。Natronobacterium gregoryi (NgAgo)在真核生物系统中的发挥重要功能，作者重新讨论这种酶并描述它在原核生物中的功能。NgAgo在非嗜盐宿主中表达较差，即使在重新折叠后，大多数蛋白质仍不溶和不活性。然而，作者提出可溶部分确实作为一个缺口DNA内切酶。NgAgo与其他具有催化活性的pAgos共享规范结构域，但也包含一个以前未被识别的单链DNA结合结构域(repA)。repA和典型PIWI结构域都参与NgAgo的DNA裂解活动。作者还发现，这些内切酶活性对增强ngago引导的大肠杆菌同源重组或基因编辑至关重要。作者通过识别DNA切割所需的残基及其切割位点，证明了NgAgo确实是一个缺口DNA内切酶。虽然其机制尚不清楚，但作者的研究表明，这种活性是通过同源重组修复的ngago介导的基因编辑所必需的。

论文链接：

https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab757/6363767

三

论文题目：

Designed architectural proteins that tune DNA looping in bacteria

论文摘要：

结构蛋白会改变 DNA 的形状。有些通过引入尖锐的扭结来扭曲双螺旋。这可以用于缓解紧密弯曲的 DNA 结构中的应变。在这里，作者设计和测试基于序列特异性转录激活因子样效应 (TALE) 蛋白的人工结构蛋白，单独或融合到真核高迁移率 B 族 (HMGB) DNA 弯曲域。作者假设 TALE 蛋白结合会使 DNA 变硬以弯曲和扭曲，作为一种结构蛋白，对抗小 DNA 环的形成。相比之下，假设与 HMGB 域融合以产生有针对性的 DNA 弯曲结构蛋白，从而促进 DNA 循环。作者提供了来自大肠杆菌 Lac 抑制基因调控环的证据，支持这些活细菌的假设。拟合热力学 DNA 循环模型的数据和复杂的分子模型都支持对这些结果的解释。作者发现 TALE 蛋白结合通过使 DNA 弯曲和扭曲变硬来抑制成环，而 Nhp6A 结构域通过弯曲 DNA 来增强成环而不引入扭曲灵活性。作者的工作说明了雕刻具有功能性的 DNA 几何形状的人工方法。类似的方法可能适用于调整真核生物中小 DNA 环的稳定性。

论文链接：

https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab759/6363766

四

论文题目：

DIANA-miTED: a microRNA tissue expression database

论文摘要：

microRANs (miRANs)是一种短的单链非编码RAN，作为有效的转录后基因表达调控因子。miRNA在细胞类型和组织中的表达和分布的信息对理解它们的功能以及它们作为生物标志物或治疗靶点的编译使用是至关重要的。本文提出的DIANA-miTED是最全面和系统的miRNA表达值的集合，作者手工整理了SRA和TCGA来源的信息，提供了一个全面和标准化的集合，包含了总共199个组织、82个解剖亚位置、267个细胞系和261个疾病。miTED提供了丰富的表达式和跨变量请求数据的样本分布的即时可视化，以及研究范围内的图表和图表，从而实现高效的内容探索。查询可找到通往最先进的miRNA功能资源的链接，它是检索、探索、比较和下游分析的理想起点，而不需要生物信息学支持或专业知识。

论文链接：

https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab733/6362088 miTED链接：

http://www.microrna.gr/mited